與歌舞伎座一樣，明治神宮也受到過美軍的敵視。美軍曾經認為這座神社和邊上的森林是導致日本發動二戰的軍國主義的精神支柱之一。1945年4月14日，美軍實施了以明治神宮為目標的轟炸，他們投下了多達1350發的燃燒彈，就是為了燒光神宮。
與美軍的預想相反，神宮的森林並沒有燃燒起來。這片森林的種植方案是曾在德國學習林業的本多靜六（1866—1952）製訂的，然後，通過來自日本全國的誌願者舍身忘我的努力，種植在由旱田、沼澤和草原組成的代代木原野上的這片濃鬱的森林，在不到30年的時間裏就長成了成熟而強大的森林，如雨的燃燒彈也奈何它不得。對於什麽樣的樹種如何分布才能建成最快成熟的森林，本多靜六進行了科學的研究，然後，全國的各種樹木被運到了代代木並種植了下去。
但是，本殿、拜殿等木結構的建築群在美軍的轟炸中全部被燒毀了。為了討論如何重建這群建築，成立了一個委員會，被任命為委員長的是東京大學本鄉校區的設計者、曾出任過東京大學校長的內田祥三（1885—1972）。
如果要造一座不會再次被破壞的神宮，就應該用混凝土作為材料，一開始這種意見占了上風。但是，年紀最小的委員岸田日出刀（1899—1966）卻獨自一人唱起了反調。他認為，如果明治神宮變成了混凝土建築，我們日本將會走向何方？因此反對用混凝土進行重建。
以日本建築史專家為首的其他委員都非常吃驚。岸田不僅年輕，對歐洲建築的新潮流也非常關注，是一位風頭正勁的建築設計師。東京大學的本鄉校區在關東大地震中遭受了重創，在該校區複興的過程中，岸田在內田祥三教授的領導下，擔任了安田講堂的設計，采用了當時歐洲最先進的分離派風格的設計（見圖40），讓人們驚歎不已。