此次消滅荒木村重的戰役當中，有一支隊伍給織田方添了濃墨重彩的一筆。那就是九鬼嘉隆率領的水軍。攝津的花隈城陷落之日，這支水軍從海上撥開濃霧突然現身，數十艘戰艦排列在海濱，放下輕舟，從河口逆流而上，向各個據點輸送陸戰隊，並將從花隈逃出來的敵兵悉數斬首獻給信長。
“原以為水軍隻是用於海上戒備，沒想到有時候在陸地作戰也能發揮奇特的作用。”九鬼嘉隆本來享有三萬五千石俸祿，信長又加封七千石給他，並鼓勵說：“你要繼續努力充實水軍。”
織田的水軍自成立以來，還不到三年，本來就很稚嫩。然而時間雖短，發展卻極為迅速。直到最近幾年為止，信長一直認為所謂戰事都是攻城野戰，根本無暇顧及海上軍備。是敵人讓他打破這種觀念，深刻了解到建立水軍的必要性。這個敵人便是西國的強敵毛利。
大阪石山本願寺戰鬥力非常頑強，無論信長從陸路包圍也好，切斷其交通也好，絲毫不見衰退的跡象，其持久力與反抗力反倒與日俱增。細究其原因才發現，原來是毛利的兵船偽裝成商船，從海上給他運來了武器彈藥還有大批糧草。那些船順風滿帆，從安治河口輸送到大阪城內。
一定要切斷這條通路。織田將現成的未經訓練的漁船拚湊起來，給他們陸軍的裝備，在大阪河口阻擊毛利水軍。這是三年前即天正四年的事。織田軍吃了大敗仗。從那以後，他痛感在水上作戰方麵尚不及毛利，並悄悄思索水軍建設問題，然而缺少有資質的兵將，水軍建設並非易事。
據說赤壁之戰時曹操率領魏軍精兵卻徹底敗北，很大程度上是因為他的兵多為北方人，習慣飛躍於山間，而江南吳國的士兵都習慣在江水中穿梭，在波濤洶湧中接受鍛煉。如今信長在安土城建築了雄偉的高牆，以他的勢力和財力，要想建造勝過毛利的兵船並非難事。事實上往來於琵琶湖的船隻就非常巨大。然而令他苦惱的不是船隻的大小與數量，而是開船的人。環視周圍的將領，無論是柴田、佐久間、瀧川，還是其他比如羽柴築前守都不合適。他們跟西海強敵毛利性質不同。