居魯士二世統治期間，波斯第一次入侵希臘，愛奧尼亞成為波斯的附屬國。大流士繼位後，愛奧尼亞諸城賦稅增加，人們還要去服兵役和勞役。
“我，大流士，偉大的王，萬邦之王，波斯之王，諸省之王……”大流士一世在平定波斯帝國的內亂後，把自己的榮耀鐫刻在不朽的石碑上。他並沒有誇張，當時，凡是波斯目之所及的地方都已被收入其版圖——當然，除了希臘。波斯的海上勢力已經由東地中海延伸至愛琴海，與希臘諸邦的摩擦在所難免，爆發戰爭是遲早的事。
城邦僭主多是由波斯扶植的，對波斯俯首帖耳，對百姓殘酷剝削。愛奧尼亞人對波斯的統治和傀儡僭主的不滿與日俱增，一直尋求獨立。與此同時，波斯操縱的腓尼基艦隊一直活躍在小亞細亞和黑海之間，把希臘的海上商業利益搶奪得所剩無幾，成為希臘海上貿易的威脅。諸多因素使雙方矛盾逐漸加劇。
公元前500年，起義最終在愛奧尼亞的米利都行省爆發了。米利都僭主阿裏斯塔哥拉斯主動辭去了僭主之位，建立民主政權，並說服其他城邦實現民主，反抗波斯的統治。雅典和埃雷特裏亞毫不猶豫地提供了軍事援助，各自向米利都派遣戰艦，燒毀了波斯在小亞細亞的首府薩迪斯。但是，當援軍撤離後，波斯人卷土重來，米利都人被打敗，婦女和兒童淪為奴隸，男人大多被殺，幸存者則逃到了底格裏斯河河口。
薩迪斯焚毀之恥激怒了大流士，由於雅典是敵軍主力，他發誓要讓鐵騎踏平雅典城，攻占全希臘。大流士之所以有信心攻下雅典，是因為波斯迎來了一位特殊的賓客——庇西特拉圖的兒子希庇亞斯。他就是被雅典人趕出城邦的最後一位僭主，正設想有朝一日能東山再起。賣國求榮的希庇亞斯向大流士提議，隻要大流士能幫助他複辟，他保證讓雅典歸順波斯。利益至上，兩人一拍即合。希庇亞斯暗自聯係其他貴族與波斯人合作，不少貴族心中還懷有對波斯的恐懼，便答應配合波斯，以求家族的安全。