1951年的春戒期間，發生了震驚全國的“雲門事變”。3月，寺中在開戒期間，一日，地方幹部及民兵百餘人包圍了雲門寺，將老和尚拘禁於方丈室，將百餘僧侶分別囚於禪堂及法堂，幹部大事搜索，上自瓦蓋，下及地磚，搜了兩日，未搜到金銀財物，乃毆打眾僧，亦無所獲，最後數大漢以木棒鐵棍毆打老和尚，逼其交出金銀財物，打得老和尚五竅流血，肋骨斷折。老和尚深入禪定，苦樂俱捐，多次毆打始終不死，幹部們不敢再打。直到5月間“雲門事變”消息傳到韶州，大鑒寺僧人通知海內外同門，聯合營救。後來北京方麵電令地方政府嚴查，雲門之圍始解。
1952年春，北京政府電粵，派員護送老和尚入京。7月抵京，李濟深、陳銘樞、葉遐庵、趙樸初等迎老和尚於火車站，駐錫於廣化寺。中國佛教協會成立，要推舉老和尚任會長，老和尚堅辭，掛了個名譽會長的名。10月到上海主持了一場祝願世界和平法會，1953年回到雲門。
在雲門最後幾年，他仍開堂傳戒，日有開示。
“雲門事變”的次年，老和尚赴北京之前，曾自書一聯，記述其生平，聯曰：
坐閱五帝四朝不覺滄桑幾度，
受盡九磨十難了知世事無常。