1912年，應僧眾電請，抵滬聯絡僧界，並為代表赴寧謁孫中山先生。
第二年，參加籌組中華佛教總會並出席成立大會。返回滇省，主持省分會會務。1918年主持昆明雲棲寺修複，同時參與或主持興福寺、節竹寺、勝因寺、鬆隱寺、太華寺、普賢寺等的修複。為此艱辛操勞，長達十餘年之久。
1934年，虛雲大師應閩省主席揚幼京等之請出任福州鼓山湧泉寺方丈。從此，又花費了18年心血，全心護持祖庭。興規矩，肅寺風，頒規約，創辦佛學院，培育僧才。同時，應結外緣，多方募化，修葺寺宇，重建樓閣，添買田畝，興辦林場，弘揚農禪。
幾年以後，寺貌煥然一新，名聞遐邇。在此期間，虛雲大師親自主持並且整理佛籍，重新整理了秘本修纂山誌。
民國十一年寺廟才開始動工，虛雲和尚逐日親督工作，慘淡經營，為時三年，規模初具，以後即每年在寺中開單接眾，傳戒講經。到了民國十七年（1928年），他為籌募雲棲寺聖像款，與王九齡居士同到香港。
這時陳銘樞主粵政，接老和尚到廣州，想請他主持曹溪南華寺，他謝絕，經廈門轉福州，回到他70年前出家的鼓山寺探視，並在寺中講經。講畢，再到寧波阿育王寺拜舍利，朝普陀山，回上海度歲。翌年回到福州鼓山寺，閩省主席楊樹莊，及前主席方聲濤，率官紳懇切勸請，留他主持鼓山寺。他認為鼓山是他剃染初地，緬懷祖德，義不可辭，遂就任。
以後數年，在鼓山講經傳戒，修繕寺院，並整頓鼓山佛學院，請慈舟法師主持院務。這樣到了民國二十三年（1934年），鼓山寺方理出頭緒來。而此時駐兵粵北的綏靖王李漢魂堅持請他到粵住持南華寺。他覺得六祖道場有重修的必要，這樣又到了南華寺。
南華寺是唐代大鑒禪師六祖惠能的道場，寺中有六祖的真身在。但已荒廢多年，無人過問。老和尚初到南華時，殿宇已傾，房屋破壞。隻得搭蓋葵蓬竹屋，暫以住眾。然後籌募款項，購材募工，開始了南華寺重建的工作。經他慘淡經營，曆時10年，直到民國三十三年（1944年）始竣工。他寫了一篇《重興曹溪南華寺記》用來記錄真人真事。