虛雲大師在高寺禪堂修行那段時間，心無雜念，一心修行。他晚上看東西跟白天一樣，行動也敏捷。到了臘月的第八個禪七中，第三天的夜晚，六枝香開靜時，護七照例衝開水，熱水濺到手上，茶杯墮地，一聲破碎，頓時斷了自己的疑惑，就如同從夢中醒來一般，他頓時開悟了。他說：“杯子撲落地，響聲明瀝瀝，虛空粉碎也，狂心當下息。”這一年在鎮江金山寺過戒期，在揚州重寧寺做道明和尚的助理。智通法師在焦山講《楞嚴經》時，請虛雲大師講偏座。第二年他又重到寧波阿育王寺禮舍利，燃指供佛，超度自己的親人。
寧波七塔寺請默庵法師講《法華經》，請他去任附講。講完經，他又到了丹陽，幫助結森、寶林二位大師重修仙台觀，以後又到赤山與法忍和尚結伴共修。到了光緒二十六年（1900年），他已經61歲，將近十年在江浙一帶參訪，使他又動了遠遊的念頭，想再次朝拜五台山，然後到終南山潛心修行。他辭別了法忍和尚，先到揚州朝拜雲台山，後來又到了山東朝拜東嶽泰山，再到嶗山禮拜憨山老人的海印寺，再以後又到了曲阜禮拜孔廟、孔陵，西行北上到達五台山。在五台山拜完，原想回終南山，但是這時候再有義和團的地方行旅不便，就近回到了北京，住在了錫城南龍泉寺。這時他已頗具聲譽，肅親王善耆的太福晉對他行弟子禮，一些王公大臣也來參叩。到了五六月間，京中義和團之亂愈來愈烈，義和團民殺了德國公使，圍攻使館區，清廷下詔與各國宣戰。
6月天津失守，7月北京淪陷。西太後帶著光緒帝匆匆西逃。這時朝中有參拜過虛雲和尚的王公大臣，關心他的安危，勸他同眾人隨駕出京，他就在兵荒馬亂中隨扈蹕西行，到了西安。這時護駕大臣岑春煊請他在臥龍寺開息災法會。佛事完畢後，虛雲大師以西安太囂煩為理由，10月間悄悄地離開了西安，到終南山結茅修行。