沈萬三在民間的知名度不亞於白蛇娘娘。據《明史》記載，他當年幫助朱元璋修築了三分之一的南京城，功不可沒。後來他又自告奮勇地要出資犒勞軍隊，結果惹惱了朱元璋脆弱的自尊心，認為他是故意展示財富，有謀反之心，在馬皇後的求情下，才免其死罪，將他發配到雲南。
《明史》中，記載了朱元璋與沈萬三這樣一段對話：
朱元璋問：“朕有百萬軍，汝能遍濟之乎？”
沈萬三說：“每一軍犒金一兩。”
朱元璋說：“此雖汝至意，不須汝也！”
有真相有細節，似乎沈萬三真的是在朱元璋的打擊下才被流放至死的，但事實上沈萬三與朱元璋並不相識，早在明朝還未建立時，沈萬三便病死了。一個已死的人是不可能出資修建京城，更不可能被流放的。
不過，沈萬三與朱元璋雖沒有關係，沈家卻千真萬確是遭到朱元璋的打擊而沒落。明朝初期，朱元璋大肆屠殺開國功臣，令沈家觸了黴頭。在胡惟庸案上，沈萬三的女婿陸仲和被扣上了“胡黨”的罪名滿門抄斬。
這一點在朱元璋親手編寫的《大誥三編》裏有著記錄：這位做了18年糧長的富翁，不但謊報災荒還出錢收買官吏。所以，在查明真相後便將他斬草除根了。
而在洪武二十六年的藍玉謀反案裏，沈家遭到了徹底的、毀滅性打擊。之所以斬殺藍玉，朱元璋最初的動機是為了保護年幼的皇長孫朱允文登基後不受到那些豪傑的威脅，所以，他一麵鏟除最有威脅性的功臣，一麵斬斷民間富豪的根，不幸的是，沈家被朱元璋列入了名單之內。
俗話說“君叫臣死，臣不得不死”。皇帝沒有理由也可以殺人，更何況沈家已經卷入藍玉的關係網中，為朱元璋名正言順地鏟除沈家創造了理由。而製造這個機會的，是一個名叫王行的教館先生，他牽線搭橋將沈家羅織進了藍玉一黨中。