張獻忠得到了襄陽，最先便是將襲封襄王的朱翊銘捉獲。因為他知道，當時的軍律裏有“失陷藩王者死”這麽一條，所以在把襄王捉獲後，便請他赴宴，並向他敬酒道：“你雖無罪，不過我想用你的頭來換楊嗣昌的頭，所以這是你最後的一席酒了。”襄王被殺的消息，楊嗣昌是在到達夷陵時才得知的，他出來督師已有兩年，這兩年中，他雖然不斷受到崇禎的褒獎，但在入川以後，因為部下諸將厭於窮追，已是日久無功，崇禎對他的恩禮已經越來越差了，在這種不利的情勢裏，又碰上了失陷襄陽、襄王被殺等事，他料想著，一向待人刻薄寡恩的崇禎，對待他也決不會有什麽兩樣，大概他離著被逮入京，問罪正法的時候已經不遠了。正在這時，他又得到了李自成攻入洛陽，福王朱常洵也被殺死的消息。這位福王，乃是崇禎的親叔父，當今天子的長親，在分量上又比襄王吃重得多了。楊嗣昌思前想後，他覺得，襄王以後又繼以福王，他可以說已經是絕無生路了。他於是先向崇禎告了病，然後便在軍中靜臥，絕食而死。因為他在死前就告了病，所以軍中的奏報也就說他是病故，沒有提到別的。
在楊嗣昌離京督師以後，繼之而為兵部尚書的是傅宗龍，他是雲南昆明人，萬曆三十八年（1610）庚戌科的進士。傅宗龍為人憨直，他才一得任本兵，便向崇禎談起民窮財盡、國勢艱危的種種情況。最初，崇禎倒還聽得下去，但是他的話題好像不多，每次見了，說的總是這些，一而再、再而三，說得多了，倒讓崇禎討厭起來，後來竟說傅宗龍“所言卑卑，皆他人唾餘”，很不耐煩地把他從本兵上換了下來。
接替傅宗龍來掌本兵的是陳新甲，他這個人並不是進士出身，僅僅在鄉試中了舉，便開始入仕了。明代最重甲科，舉人出身則被稱為乙科。曆來是甲科為人所重，乙科則為人所輕，因為多年相沿，已成慣例，入閣必須是甲科出身才可，乙科出身的人，不但無由入閣，就是做到六部尚書或是侍郎的人，也極罕見。陳新甲能做到兵部尚書，實在是很不容易的。他所以能夠如此，一是他本人確實很有才幹，二是他很為楊嗣昌所賞識，楊在將去督師之時，便曾向崇禎推薦過他，說陳新甲是個人才，將來可以讓他來管本兵。除此以外，還有個很重要的原因，那就是年來多故，這兵部尚書一職被人視為畏途，沒有人來爭奪，這便成了陳新甲得任兵部尚書的一個更重要的條件。陳新甲還和楊嗣昌有些相像，他也是一個有口才、工筆劄的人，他入居兵部後，又成了一個言必被采，事必得從的人。後來他便接替了楊嗣昌，把楊代替崇禎暗中和滿洲議和的工作也接下來了。辦上了這件事，他和崇禎的關係便又近了一層，彼此間都有了不少不願為外人所知的事情，崇禎不斷為議和的事有手詔給他，為了怕泄密，每次都要再三叮囑，千萬不可外泄。然而事難久秘，這件事拖得太久了，外邊已經頗有些耳聞，而且有人在猜測著了，後來又出了個意外的岔子，竟一下子便傳開了。原來，那時有個被派到關外進行和議的職方郎中馬紹愉，從關外才一回來，便向陳新甲密報所進行的各事的情況，陳新甲看過了他的密報，隨手向幾案上一放，便又忙著辦別的事情去了。他的家童看到了幾案上的密報，卻誤以為那乃是塘報一類的東西，怕延遲有誤，便忙著把它傳了出去。這一來，秘事全泄，言路一時大嘩，給事中方士亮等紛紛上疏奏論。崇禎覺得這件事對於他的名聲影響太大，必須想個辦法遮掩過去。他先降下一道嚴旨，命陳新甲速行自陳。其實崇禎原是想用一種“雷聲大，雨點小”的辦法來掩飾的，隻要陳新甲能隨便扯上一通，把這事胡亂遮掩過去，也就行了。不想陳新甲並沒能領會到崇禎的這些深意，不但不設法掩飾，反而自詡其功，把事情全挑開了，已經再難掖藏。他的這種做法惹得崇禎極為憤怒，又加上言官們疏論不已，大肆攻擊，鬧得崇禎更是冒火。最後，崇禎為了洗刷自己，隻好把陳新甲投入獄中，要把一切都推在他的身上。陳新甲入獄後才感到事情不妙，但他卻猜不到是崇禎要用他的人頭來洗刷自己。他不住地上下打點，極力想保住自己的性命。他的關節，已經通到了首輔周延儒、閣臣陳演等那裏，他們都竭力救他，說依律，敵兵未薄京城，不殺大司馬。大司馬一向是兵部尚書的尊稱，總是在事關重大時才用這種稱呼，周、陳二人用這個稱呼來稱陳新甲，也是來向崇禎顯示陳新甲的身威之重，非同小可。然而崇禎卻不為所動，他曆數自陳新甲接管本兵以來，散居各地的藩王，先後已有七人因城陷而被殺了。他轉問他們，這些事“不甚於薄城耶”？陳新甲終於在崇禎十五年（1642）八月被問了斬刑，這時離著明朝的滅亡已經很近，隻有一年半的光景了。