粉碎了魏忠賢一夥，又定出了逆案，這時崇禎所亟須應付的便是內憂和外患兩件事。明代自建國以來，四方邊境便不斷發生戰爭。在明初大致都是以攻為守，常以防禦性的征討震懾外敵，使之不敢入侵。土木之變以後，主要的邊患來自北方，戰爭的形勢已變為防堵外敵的侵入了。到了萬曆末年，主要的外患又已變為來自東北的滿洲了。崇禎的外患來自東方，內憂則起於西隅。明代自永樂十八年（1420）唐賽兒在山東率眾起義以來，由於剝削日重，農民起義不斷發生，但是規模都不大，一般都是旋起旋滅，說不上是內憂。天啟之末，陝西大饑，已經出現了一些小小**，延續到崇禎元年（1628），便發生了由延綏缺餉而引起的固原兵變，終於鬧到劫奪州庫的事態。那時各處郡縣都正鬧著饑荒，處處都有饑民群聚。從固原兵變開始，很多州縣都發生了搶劫糧庫的事件。當時已經形成了農民起義的勢頭的，便有白水王二，府穀王嘉胤，宜川王左掛、飛山虎、大紅狼等數起。另外，李自成的舅舅高迎祥、饑民王大梁等，也同時聚眾而起。王大梁自稱大梁王，高迎祥則自號闖王。那時的李自成已經投入了高迎祥的部眾中，做了一名頭目。
麵對著內外交逼的情勢，崇禎從一開始便決定了要以先內而後外的辦法來應付它。對內他是盡力調兵圍剿，想盡快把農民起義軍徹底剿滅；對外他則是以抗擊與談和並用，而且更想盡快達成和議，以便騰出手來，一意剿滅農民起義軍。崇禎所以這麽決定，是仔細盤算過的，他覺得如今的農民起義雖然遠比以前各朝為多，但還是易於撲滅的，隻要把外患暫時排開，很快便能把國內的烏合之眾剿平，那時他也就有足夠的力量來對外了。崇禎的這種想法，初看好像很有道理，但他卻忘了今昔有所不同，所以想得雖好，卻終難成功。在他以前的曆朝，農民起義之所以易於剿滅，是由於那時的災區不多，瀕臨死境的饑民為數還不太多，一經挫敗，再想集聚便很困難。而在他即位後，則是到處災荒，饑民遍地，起義軍受到挫折，可以流向別處，而且在所經之處隻要登高一呼，便會有無數饑民齊來投奔。起義軍有這種有利的條件，所以越剿越多，使崇禎所定下的先內後外的政策永遠隻能停在對內的階段上。