由於曆史包袱的繼承，皇權的逐步提高，隋唐以來的官僚機構，以鞏固皇權為目的的三省製度——中書省出命令，門下省掌封駁，尚書省主施行——中書官和皇帝最親近，接觸機會最多，權也最重。宋代後期，門下省不能執行審核詔令的任務，尚書省官隻能平決庶務，不能與聞國政，三省事實上隻是一省當權。到元代索性取消門下省，把尚書省的官屬六部也歸並到中書，成為一省執政的局麵。地方則分設行中書省，總攬軍民大政。其下有路、府、州、縣，管理軍民。
三省製的形成有它的曆史背景和原因，就這製度本身而論，把政權分作三份，一個專管決策，一個負責執行，而又另有一個糾核的機構，駁正違誤，防止皇權的濫用和官僚的缺失，對鞏固皇權，維持現狀的意義上說，是很有用的。可是，在事實上，官僚政治本身破壞了癱瘓了這個官僚機構，皇權和相權的衝突，更有目的地摧毀了這個官僚機構。
官僚政治特征之一是做官不做事，重床疊屋，衙門愈多，事情愈辦不好，拿薪水的官僚愈多，負責做事的人愈少。例如從唐以來，往往因事設官：尚書省原有戶部，專管戶口財政，在國計困難時，政府要張羅財帛，供應軍需，大張旗鼓，特設鹽鐵使、戶部使、租庸使、國計使等官，由宰相或大臣兼任，意思是要提高搜括的效率，可是這樣一來，戶部位低權輕，職守都為諸使所奪，便變成閑曹了。兵部專管軍政，從五代設了樞密使以後，兵部又無事可做了。禮部專掌禮儀，宋代卻又另有禮院。幾套性質相同的衙門，新創的搶了舊衙門的職司，本衙門的官照例做和本衙門不相幹的事，或者索性不做事。千頭萬緒，名實不符，十個官僚有九個不知道自己的職司。冗官日多，要官更多，行政效率也就日益低落。到元代又添上蒙古的部族政治機構，衙門越發多，越發龐大，混亂複雜，臃腫不靈，癱瘓的病象在顯露了。