朱元璋對軍官軍士是用十二分的注意來防閑的。除開在各個部隊裏派義子監軍，派特務人員偵伺以外，洪武五年還特地降軍律於各衛，禁止軍官軍人，不得於私下或明白接受公侯所與信寶金銀段匹衣服糧米錢物，及非出征時，不得於公侯之家門首侍立。其公侯非奉特旨，不得私自呼喚軍人役使，違者公侯三犯準免死一次，軍官軍人三犯發海南充軍。後來更進一步，名義上以公侯伯功臣有大功，賜卒一百一十二人作衛隊，設百戶一人統率，頒有鐵冊，說明“俟其壽考，子孫得襲，則兵皆入衛”，稱為奴軍，亦稱鐵冊軍；事實上是防功臣有二心，特設鐵冊軍來監視的。功臣行動，隨時隨地都有報告，證人是現成的，跟著是一連串的告密案，和大規模的功臣屠殺。
在作戰時，雖然派有大將軍統帥大軍，指導戰爭進行的，還是朱元璋自己，用情報用軍事經驗來決定前方的攻戰，甚至指揮到極瑣細的軍務。即最親信的將領像徐達、李文忠，也是如此。例如吳元年（1367年）四月十八日給徐達的手令，在處分軍事正文之後，又說：“我的見識隻是如此，你每見得高處強處便當處，隨著你每意見行著，休執著我的言語，恐伯見不到處，教你每難行事。”洪武三年四月：“說與大將軍知道……這是我家中坐著說的，未知軍中便也不便，恁隻揀軍中便當處便行。”給李文忠的手令：“說與保兒老兒……我雖這般說，計量中不如在軍中多知備細，隨機應變的勾當。你也廝活落些兒也，那裏直到我都料定!”大體上指導的原則是不能更動的，統帥所有的隻是極細微的修正權。
對待俘虜的方針是屠殺，如龍鳳十一年（1365年）十一月初五日的令旨：“吳王親筆，差內使朱明前往軍中，說與大將軍左相國徐達副將軍平章常遇春知會：十一月初四日捷音至京城，知軍中獲寇軍及首目人等六萬餘眾，然而俘獲甚眾，難為囚禁，令差人前去，教你每（們）軍中，將張（士誠）軍精銳勇猛的留一二萬，若係不堪任用之徒，就軍中暗地去除了當，不必解來。但是大頭目，一名名解來。”十二年（1366年）三月且嚴厲責備徐達不多殺人：“吳王令旨，說與總兵官徐達，攻破高郵之時，城中殺死小軍數多，頭目不曾殺一名。今軍到淮安，若係便降，係是泗州頭目青旖黃旗招誘之力，不是你的功勞。如是三月已裏，淮安未下，你不殺人的緣故，自說將來！依奉施行者。”吳元年（1367年）十月二十四日因為俘虜越獄逃跑，又下令軍前：“今後就近獲到寇軍及首目人等，不須解來，就於軍中典刑。”洪武三年（1370年）四月：“說與大將軍知道：止是就陣得的人，及陣敗來降的王保保頭目，都休留他一個，也殺了。止留小軍兒，就將去打西蜀了後，就留些守西蜀便了。”則不但俘虜，連投降的頭目也一概殘殺了。