朱翊鈞時代，明代政治腐敗已達極點，統治階級內部發生重大混亂，朝臣士大夫們分成邪正兩派，互相攻擊，朱翊鈞一二十年不上朝，所以概不理會。大致說來，邪派中有齊、楚、浙三黨，而正派則為東林黨。這裏所謂黨，也並沒有什麽不得了的嚴密組織，齊、楚、浙隻是封建同鄉的集團。而東林呢，則是因為吏部郎中顧憲成於萬曆二十二年開始在無錫東林書院講學，議論時政，批評人物，以輿論力量對抗邪黨，在朝一部分正派官員頗與之通聲氣，於是便有“東林黨”之稱。這兩派鬥爭消長情形大致如下：萬曆二十年至三十年，為東林當政時期，三十年以後是兩派相持時期，四十五年以後權歸齊、楚、浙三黨，天啟初年東林又重得政權。但齊、楚、浙三黨也並不是完全合作的，在四十五年得到政權以後，內部就發生了裂痕，東林黨的汪文言乘機很起了一點破壞作用。天啟初年，東林得勢，他們又以同鄉關係組織起來對抗。
東林諸人雖號稱清正，但內部也並不是毫無敗類。同時他們壁壘森嚴，黨見過深，凡是不合東林宗旨的人都斥為異黨，加以攻擊，有時就不免冤枉好人。《明史·崔景榮傳》卷二五六讚雲：“方東林勢盛，羅天下清流。士有落然自異者，詬誶隨之矣。攻東林者，幸其近己也，而援以為重。於是中立者類不免蒙小人之玷。核人品者，乃專以與東林厚薄為輕重，豈篤論哉！”這段話說得是相當公正的。
天啟初年，東林得勢，便雷厲風行地執行自己的政策。天啟三年京察，東林趙南星為吏部尚書，把三黨的黨徒幾乎一網打盡，於是這些人便一齊去依附魏忠賢，做了魏的走狗，合力謀陷正人。凡是主持正義愛惜名義的，不論在朝在野，一概指為東林黨人，於是“東林”二字便成為犯罪的代名詞了。史稱：