廠衛一向是並稱的，雖然係統不同，但職務卻並沒有什麽差別。如若一定要區分的話，那麽可以這樣說：錦衣衛是偵察一切官民的，而東西廠則是偵察一切官民和錦衣衛的，至於劉瑾所設的內行廠，則廠衛又均在其伺察之中。但這隻是大體的區別，有時也不盡然，要看皇帝的信任程度如何而定。皇帝信任廠，那麽廠權就要超過衛；皇帝信任衛，那麽衛權就要超過廠；如果皇帝信任廠衛程度相等，那麽廠衛就勢均力敵、不相上下。
無論廠衛權力消長如何，但二者同是特務機關，同由一個人（皇帝自己或是司禮太監）領導指揮，雖然偶或也互相內鬥，一般說來，彼此還是勾結得很密切，相依相輔，狼狽為奸。《明史·刑法誌三》有一節就說到廠衛相結及其消長的情形：
然廠衛未有不相結者，獄情輕重，廠能得於內。而外廷有扡格者，衛則東西兩司房訪緝之，北司拷問之，鍛煉周納，始送法司。即東廠所獲，亦必移鎮撫再鞫，而後刑部得擬其罪。故廠勢強，則衛附之，廠勢稍弱，則衛反氣淩其上。陸炳緝司禮監李彬，東廠馬廣陰事，皆至死，以炳得內閣（嚴）嵩意。及後中官愈重，閣勢日輕，閣臣反比廠為之下，而衛使無不競趨廠門，甘為役隸矣。
這段話末幾句是廠衛消長的關鍵，宦官權重，廠權也重，廠與宦官是分不開的。而在明代，自朱棣以後，宦官之權始終不曾怎樣低落過，像前麵所引陸炳偵緝司禮監李彬、東廠馬廣的事，在明代是絕無僅有的事，所以就整個看來，錦衣衛都是跟在東廠後麵走的。查慎行《人海記》卷下說得好：
二百年閣與衛皆廠之私人，衛附廠以尊，而閣又附衛以重。
在這裏，就必須提到特務的最高指揮機關司禮監了。如前所述，東廠在明代後半期是規定必須“專用司禮秉筆第二人或第三人為之”，這就是說司禮監和東廠是一體的，監既能得之於內，廠又能得之於外，集行政、立法、司法三權於一，勢力之大，實是莫與倫比了。