朱由檢既派遣大批特務分入行政的各個部門，他還覺得不放心，他還要把特務深入到軍隊中去，來監視將帥和軍隊。
這種軍中特務的派遣，朱由檢是完全因襲他的列祖列宗的辦法而集其大成。大略說來，可分為三個係統：一是負監視責任的特務，有監視和監軍的分別，派往邊鎮的叫做監視，派往內地軍中的叫作監軍(53)。這些監視、監軍的權柄，遠在將帥之上，將帥有所行動，必須得他們同意，他們對於將帥又可以隨時向皇帝密奏彈劾。二是直接統兵的特務，先還隻是在京中統率京營，後來竟派出去統率各地大軍，儼然是大將軍體統了。三是由朱由檢直接秘密派到軍中的個別特務，負秘密偵探責任。
秘密軍事偵探
這些軍中特務，派遣最早的是秘密偵探，在朱由檢即位時就遣出去了。如崇禎元年：
宣府巡按李養衝疏言旗尉往來如織，蹤跡難憑，且慮費無所出。帝以示（大學士李）標等曰：“邊情危急，遣旗尉偵探，奈何以為偽？且祖宗朝設立廠衛，奚為者？”標對曰：“事固宜慎。養衝以為不賂恐毀言日至，賂之則物力難勝耳。”帝默然。(54)
同時，大學士錢龍錫也曾為此奏諫過：
（元年）帝好察邊事，頻遣旗尉偵探。龍錫言：“舊製止行於都城內外，若遠遣恐難信任。”(55)
特務遍軍中
到第二年朱由檢便公開地派遣特務去監視軍營了。《明季北略》卷七雲：“二年，大清兵南下，京師戒嚴，乃複以內臣視行營。”這些內臣的姓名，據《明史紀事本末》卷七十四載：
二年……冬十一月，我大清兵南下，始遣乾清宮太監王應朝監視行營。太監馮元升核軍訖，始下戶部發餉。又命太監呂直勞軍。
而《明史·莊烈帝紀一》載，這時由檢又曾派宦官催總兵滿桂出戰。這宦官是誰，已不可考了。