朱由檢信任特務的具體辦法，便是將一切軍政大權交給特務去管理監督，已有的特務機構，盡量加強，已經停辦的機構，重新再設。
加強廠衛偵緝
其實如東廠和錦衣衛這兩大特務機關，朱由檢對它始終是十分信任的。《明史·刑法誌三》稱：
莊烈帝即位，忠賢伏誅，而王體乾、王永祚、鄭之惠、李承芳、曹化淳、王德化、王之心、王化民、齊本正等相繼領廠事，告密之風未嚐息也。
而《明史·陳龍正傳》卷二五八亦稱：
時政尚綜核，中外爭為深文以避罪，東廠緝事尤冤濫。
這種“冤濫”情形如李清《三垣筆記》上所載：
予初入刑垣，鄭司寇三俊（萬曆戊戌建德人）獲譴歸時，予就寓謁問：“刑部何事最冤？”三俊慘然曰：“無過盜情，若欲平反，不過雲秋後處決爾。”予愕然曰：“何謂？”三俊曰：“此皆從東廠緝獲者，司官不敢反，堂官何繇反？惟擇無贓無證情可矜疑者，緩以秋決，或可從容解網也。”相與歎息久之。
予初入刑垣，聞東廠盜最冤，每廠役獲盜，必加以五毒，擇肥而攀，俟罄擄既飽，然後呈廠。廠上疏皆曆曆有詞，不四日便下部擬，不十餘日便依樣招奏，又不四日便會官處決。曾有一盜赴市，太息雲：“我賊也不曾做，如何誣我為盜？”一日，予晤刑部一司官，以平反勸，慘然曰：“不敢。”予曰：“何也？”對曰：“天下有一介不取之官，而無一介不取之吏，若一翻廠招，異日借題羅織，官吏並命矣。”一時幹和招災，莫此為甚。
對這種“告密”“冤濫”，朱由檢是予以鼓勵的。王之心、曹化淳都曾因緝奸之功，蔭弟侄錦衣衛百戶，而崇禎十四年九月且改稱東廠提督為總督，以重其權。(11)
因為如此，所以那時廠衛橫暴，也不下於魏忠賢時代，錢謙益雲：