當初，荊州刺史殷仲堪、江州刺史桓玄和雍州刺史楊佺期雖然締結了盟約，但彼此間的關係十分脆弱，各懷心事。殷仲堪和楊佺期結成親家，聯合製約桓玄。朝廷為了分化他們，加任桓玄為都督荊州四郡軍事，又讓桓玄的哥哥桓偉頂替了楊佺期的哥哥楊廣的位置，做了南蠻校尉。楊佺期壓不住火，要起兵攻打桓玄，被殷仲堪製止了。
不久，荊州發大水，殷仲堪為人宅心仁厚，命令打開官倉，賑濟災民，這本是好意，但造成了倉庫的空虛。桓玄得到消息，對殷仲堪發起大規模進攻，殷仲堪不敵，向楊佺期求救，楊佺期率軍前來救援，結果被桓玄打敗，楊佺期和楊廣被殺。殷仲堪恐懼，準備逃往後秦，但被桓玄的人馬追上，被逼自殺。
桓玄消滅了殷仲堪和楊佺期後聲威大震，他向朝廷上書，要求統管江州和荊州，朝廷任命桓玄為都督荊、司、雍、秦、梁、益、寧七州諸軍事，兼荊州刺史，任命中護軍桓脩為江州刺史。桓玄堅持要管理江州，朝廷又加任桓玄為都督江州及揚州、豫州等八郡諸軍事，兼江州刺史。桓玄建議任命哥哥桓偉為雍州刺史，朝廷批準。桓玄又任命侄兒桓振為淮南太守。桓玄統管了東晉近三分之二的地盤，他野心勃勃，不把朝廷放在眼裏。
司馬元顯接受謀士張法順的建議，準備趁桓玄在荊州立足未穩討伐他。元興元年（402）正月一日，東晉朝廷下詔，公布桓玄的種種罪狀，任命尚書令司馬元顯為驃騎大將軍、征討大都督、都督十八州諸軍事、假黃鉞，鎮北將軍兼兗、青二州刺史劉牢之為前鋒都督，前將軍譙王司馬尚之為後衛，共同討伐桓玄。
桓玄針鋒相對，也公布了司馬元顯的各種罪名，順長江東下，起兵討伐司馬元顯。司馬元顯害怕桓玄，遲遲不肯出發。