在朝廷上，蕭瑀本來就經常與封德彝爭吵，之後一次朝會，他又與一個大臣陳叔達爭吵起來，就連唐太宗上前勸架也攔不住二人，太宗大怒，將二人全部罷免。
蕭瑀多年忙忙碌碌，從隋到唐，一直在為這個國家操勞，如今天下初安之際突遭罷相，這讓原本就不大合群的他驟然孤寂起來。
心情落寞之下，蕭瑀染上了重病。唐太宗得知，連忙去探望他，並寫了一首千古傳唱的詩《賜蕭瑀》：
疾風知勁草，板**識誠臣。
勇夫安識義，智者必懷仁。
唐太宗一直對蕭瑀的功勞念念不忘，畢竟李唐剛剛起兵，蕭瑀便舉家跟隨，奉獻出自己的根據地，而且從來沒有因為一己之私要求什麽。加上其背後有蕭氏南方宗族勢力的鼎力支持，他自小在隋朝皇室中的經營和曆練，這些都是房玄齡、魏徵之類的平民知識分子無法望其項背的。
不久，唐太宗再次任命蕭瑀為左仆射，他重新成為大唐第一宰相。但也是從這時開始，太宗逐漸讓魏徵、房玄齡這些人進入權力中心，任命魏徵為左丞，房玄齡為中書令。
唐太宗的實力源自他自己的天策府，而天策府的實力派就是長孫無忌、房玄齡、杜如晦這些人。局勢穩定之後，提拔自己一係的人馬逐漸走上台麵，應該是水到渠成的事情吧。
但蕭瑀對他們很嚴格，或者說，蕭瑀對所有人都很嚴格，包括他自己。他對物質生活看得很淡，幾乎完全不會在意金錢的多少，因為錢財對於一個一出生就被封王，一輩子都在皇宮裏麵生活的人來講稀鬆平常，但是按這樣的要求去對待房玄齡、魏徵之類的人，就有些勉為其難了，畢竟人家是要養家糊口的。
大臣們一旦有一些戀財的舉動，或者私下有些小動作，蕭瑀就不能容忍，要求唐太宗處罰他們，這讓太宗很惱火，隻得不停地向蕭瑀解釋，你要體諒他們，你要容忍他們，他們是人，不是神，自然要吃飯，有私心。他還說，用人就要用其所長，忽略其短處，不能斤斤計較，否則將無可用之人。