即便崇禎苦苦支撐，大明王朝終究還是沒有躲過覆滅的命運。明朝滅亡之後，黃道周在朱由崧的弘光政權裏繼續服務，隻可惜弘光政權隻是曇花一現，很快就玩兒完了。
黃道周又進入了南明隆武帝朱聿鍵的內閣。隆武帝還是比較奮發圖強的一個皇帝，也比較信任黃道周，任命他為吏部尚書和兵部尚書。但是很可惜，隆武帝當時內有驕橫跋扈的鄭芝龍操控，外有魯王的牽掣，一身抱負施展不開。
黃道周心急如焚，為了盡快打開南明小朝廷的局麵，手中無兵又無權的黃道周毅然變賣了自己的所有家產，組織了一支幾千人的隊伍北上抗擊清軍，而這支隊伍出發時僅僅有十來匹馬和一個月的糧草。
出發之前，他的夫人蔡氏長歎：道周死得其所了。
明知是螳臂當車，明知此去必死，還奮然前往，可謂真英雄也。
隻是那時候，明朝的正規軍尚且抵擋不住清軍的鐵蹄，節節敗退，黃道周組織的這一支隊伍又如何能與風頭正勁的清軍抗衡呢？很快，黃道周的隊伍就被擊敗，黃道周也被俘了。
清軍派洪承疇來勸他投降，黃道周一臉蔑視地看著洪承疇，寫下這樣一副對聯：
史筆流芳，雖未成功終可法；洪恩浩**，不能報國反成仇（承疇）。
將史可法和洪承疇相比，讓洪承疇羞愧難當。勸降不成，他上疏請求免了黃道周的死刑，清廷不準。
黃道周在獄中堅決不吃清軍的食物，絕食十二天，這期間他的妻子蔡氏曾經來信，不提其他，隻說了一句：
忠臣有國無家，勿內顧。
放心去吧，家裏一切都好。