尚普蘭在他事業發展的過程中經曆了很多次與野蠻的印第安人的鬥爭，而且這種衝突持續了很多年。加拿大的殖民生活並不能說服眾多法國人離開家園，但是確實有很多人來到了加拿大，其中有一些傳教士，印第安人稱他們為“黑袍”。
在尚普蘭去世30年之後，加拿大仍然隻有大約2000名法國人。有些人在人跡罕至的茂密森林開辟出了新的道路，奮力前行，一路上與凶猛野獸和野蠻人搏鬥，來到了廣闊的蘇必利爾湖，還到達了密西西比河入海口以南的地方，並且建立了一個以國王路易的名字命名的殖民地“路易斯安那”。
有些加拿大的牧師認為，因為白人給印第安人喝了白蘭地和其他烈酒，使他們變得更加野蠻凶狠，所以他們試圖阻止印第安人喝這些烈酒，但並沒有成功。
1689年8月的一天晚上，易洛魁族的印第安人對法國人進行了一次可怕的偷襲。那是一個狂風暴雨的夜晚，蒙特利爾附近一個小村莊裏的人們都上床睡覺了，這時候，一大群印第安人突然襲擊了他們。2500名印第安人殺死了200名法國殖民者。然而這些死去的人比那些幸存下來的人死得更痛快一些，有100多名俘虜在被殺前遭受了極其可怕的折磨。
這時，一個叫路易·德·布阿德的法國人被送回了法國。當他再次回到加拿大時，便與易洛魁族的印第安人進行了激烈的戰鬥。短短幾年時間，布阿德就徹底征服了他們，此後法國人就再也不必害怕印第安人了。
法國國王路易十四一直有在美洲建立一個偉大帝國的理想，他認為此時是一個極好的機會，而布阿德正在努力實現這個理想。他攻擊了新英格蘭的殖民者，要為法國贏得更多土地。但是戰爭的走向對法國人來說比較糟糕。當 1713年雙方簽訂《烏得勒支條約》時，法國人不得不放棄他們最初定居的地方——新斯科舍、紐芬蘭和哈德遜灣周圍的土地。