正德六年（1511）十月，王陽明升任文選清吏司員外郎。文選清吏司是負責文官銓考的機構。是時，湛甘泉被任命為出使安南的使者。在京城時，王陽明一有閑暇必會去拜訪湛甘泉，二人同行同飲，切磋學問，一起為複興聖學而努力。雖然經過二人的努力，複興聖學已經出現曙光，但朱子學依然是社會的主流思想。湛甘泉離開京城前往安南，必然會給聖學的複興帶來不少障礙，王陽明對此深感憂慮。
王陽明特意為湛甘泉寫了兩首題為《別湛甘泉二首》（《王文成公全書》卷二十）的送別詩，寄托了自己的依依惜別之情。王陽明在第一首詩中寫道：
行子朝欲發，驅車不得留。驅車下長阪，顧見城東樓。遠別情已慘，況此艱難秋。分手訣河梁，涕下不可收。車行望漸杳，飛埃越層邱。遲回歧路側，孰知我心憂！
詩中的“艱難”二字，以及“孰知我心憂”一句，表達了王陽明在複興聖學的“艱難”之秋，麵對盟友湛甘泉的離去，內心充滿憂慮，非常痛惜的心情。但是，在第二首詩的末尾，他寫道：
結茆湖水陰，幽期終不忘。伊爾得相就，我心亦何傷！世艱變倏忽，人命非可常。斯文天未墜，別短會日長。
王陽明堅信聖人之道絕不會墜落，日後自己一定還能和湛甘泉相會，到那時就可以選擇一塊遠離塵世的清淨之地居住，一起切磋學問。在湛甘泉將要離開京城之際，王陽明在浙江的蕭山湘湖附近購買了一塊山清水秀之地，建了一座草庵，希望自己將來能夠和湛甘泉、黃綰一起在此養老。詩中提到的“幽期”說的便是這件事。
除了送別詩之外，王陽明還特意為湛甘泉寫了一篇《別湛甘泉序》（《王文成公全書》卷七），其中論述古今學術的變遷，以及湛甘泉和自己的學術特色。讀罷此文，我們能感受到王陽明對複興聖學的一腔熱情。以下為《別湛甘泉序》的全文：