王陽明帶兵賞罰分明、軍紀嚴謹，所以官軍兵力日益增強。若非如此，征剿南贛諸匪隻能是空談。
正德十二年（1517）五月八日，王陽明請辭南贛汀漳巡撫一職，請求改任軍務提督，並上奏《申明賞罰以勵人心疏》（《王文成公全書》卷九），奏請朝廷賜予旗牌。同年七月十六日，兵部尚書王瓊得知王陽明上疏，隨即請旨準奏。九月十一日，朝廷下旨賜予王陽明旗牌，並授予他酌量裁奪之權。
王陽明於南贛討賊之時發現，官府所采取的安撫策略毫無成效，其根本原因就在於官軍兵力不強。而賞罰不分、軍務拖遝又是導致兵力不強的根本原因。因此，王陽明奏請受領軍務提督旗牌，以擁有治軍的權力。
王陽明在文中提出，《大明律》已嚴格規定賞罰之別，隻有按此法令行事，才能成功招安賊匪。同時，他還列舉了《大明律》中所記載的各種賞罰事例，並認真分析了此法未得到有效推行的現實原因。關於招安一事，江西按察司整飭兵備帶管分巡嶺北道副使楊璋曾多次向王陽明進言。經過深入、細致的分析，王陽明將此事上奏朝廷。
楊璋曾為王陽明詳述《大明律》之罰典內容，並列舉直隸、山東、江西等省招安匪寇的實例，最後指出南贛剿匪不利的症結所在。楊璋認為，賞罰不明，以致士卒不能拚死應戰，隻有做到有功者賞、失職者罰，才能激勵官軍士氣。他希望朝廷立即下旨以嚴正賞罰。
馮夢龍所著《皇明大儒王陽明先生出身靖亂錄》簡明扼要地論述了軍中各項賞罰標準。“兵士臨陣退縮者，領兵官即軍前斬首。領兵官不用命者，總兵官即軍前斬首。其有擒斬功次，不論尊卑，一體升賞。生擒賊徒，勘明決不待時。”
據王陽明之疏文，楊璋曾向他建議，“賞罰既明，人心激勵。盜賊生發，得以即時撲滅，糧餉可省，事功可見矣”。王陽明任軍務提督時，楊璋盡心輔佐他，可謂功不可沒。然而，在朱宸濠叛亂時，楊璋卻倒戈相向，以致晚節不保，令人備感惋惜。