弘治十三年（1500），王陽明二十九歲。是年六月，他出任刑部雲南清吏司主事。明朝刑部下設十三清吏司，負責各省訴訟事務，雲南清吏司是其中最大的一個，所以王陽明異常繁忙。七月，提牢廳重修。九月，重修完畢。提牢廳的主事是每月輪番製，由十三個清吏司的主事輪流擔任。十月，恰值王陽明負責提牢廳事務。王陽明當時身患咳嗽之疾（支氣管結核），他在《提牢廳壁題名記》（《王文成公全書》卷二十九）中描述了當時的情景：“夫予天下之至拙也，其平居無恙，一遇紛擾，且支離厭倦，不能酬酢，況茲多病之餘，疲頓憔悴，又其平生至不可強之日。”
但王陽明當時絲毫沒有受疾病所擾，他勵精圖治，製定了獄中規則，並為後世所沿用。（大西晴隆《王陽明》）
弘治十四年八月，王陽明三十歲，受命前往直隸和淮南地區審查犯人。在和當地的地方官員仔細溝通之後，王陽明平反了很多冤假錯案。弘治十五年，審查完畢後，王陽明原本打算回京複命，但由於舊病複發，隻好作罷。
弘治十五年八月，他上奏《乞養病疏》（《王文成公全書》卷九），希望能夠回家鄉治療。他在疏中寫道：
切緣臣自去歲三月，忽患虛弱咳嗽之疾，劑灸交攻，入秋稍愈。遽欲謝去藥石，醫師不可，以為病根既植，當複萌芽，勉強服飲，頗亦臻效。
及奉命南行，漸益平複。遂以為無複他慮，竟廢醫言，捐棄藥餌。衝冒風寒，恬無顧忌，內耗外侵，舊患仍作。及事竣北上，行至揚州，轉增煩熱，遷延三月，尪羸日甚。心雖戀闕，勢不能前。追誦醫言，則既晚矣。
先民有雲：“忠言逆耳利於行，良藥苦口利於病。”臣之致此，則是不信醫者逆耳之言，而畏難苦口之藥之過也。今雖悔之，其可能乎！