敬庵之學以“克己”為宗。所謂“克己”，無非是“蓋以剝盡形骸之累，獨全乎性命之真也。”（《敬和堂集》卷5，《答吾川樓丈》）也就是將纏繞著人的生命的肉體之累，即氣質之障蔽等主觀的、利己的欲念盡行克治，而複歸於純粹客觀的性命之真體的工夫。此即所謂“複性”。敬庵的門人馮少墟認為，敬庵的“克己”是“斬釘截鐵之意”（《馮恭定全書》卷2，《疑思錄》），這可以說是對敬庵所提倡的“克己”之犀利真切的恰當說明。在《易·係辭傳》中有“退洗心而藏於密”，在《孟子·滕文公上》中有“以江漢之水洗之，以秋陽暴之”，這應該說都是敬庵“克己”思想的準確表述。
敬庵在主張“克己”的同時，還引陽明所謂“破山中賊易，破心中賊難”一語說：“故思匡濟時艱難，以洗心養德為上。”（《敬和堂集》卷4，《答胡元敬老友》）又引陳白沙所謂“斷除嗜欲念，永撤天機障。身在萬物中，心在萬物上”的詩句，以闡明“克己”之內容（參見同上書卷4，《答蘇紫溪參政》）。據此，我們可以感到，敬庵所說的“克己”與陽明的“廓清掃除”工夫、白沙的“端本澄源”工夫有相通之處。其“克己”工夫，接近於薛文清的嚴苦，而其透徹，則近似於明末清初的陽明學者李二曲的反身工夫。(1)
敬庵把《大學》的“格物”解作“通物”，那是因為考慮到如果不克治己私之念、除去障蔽心之虛明的窒礙，就難以期望事理的通達。所以，他的“克己”工夫又是格物工夫（參見同上書卷9，《靖吾丁墓誌銘》；《明儒學案》卷41，《甘泉學案五·許敬庵傳》）。
根據這種“克己”工夫，若能做到心中不留一毫己私之念，那麽就會像程子所謂的“內外兩忘，澄然無事”那樣，達到人我兩忘，心達於靜定的境界。因而敬庵認為，如果與神明相通而以天下為一脈，那麽所謂“格君化物”、“知人安民”的德業大事，也就能任憑超越人為的本體之力，而從容對待了（參見《敬和堂集》卷3，《啟王荊石閣老》二）。這是以程明道的渾一之學為宗，而與甘泉在居敬致虛中有萬物之同體、天理之呈露、位育經綸的太虛思想相通的。但是，甘泉是從程朱學的立場批判王學，而敬庵則一方麵繼承湛學的渾一性，保持朱子學的嚴肅性，另一方麵又有融合王學精神的傾向。所以他認為，主張知覺即恒性的王門派的胡廬山，有危及性理客觀存在的弊害；又認為，批判王學的李見羅，其嚴格辨明心性的做法，有使性理陷於虛幻的流弊。不過，敬庵雖對他們進行了批判，但又稱讚廬山以心之渾一為宗、見羅以修身實地為宗的性學思想，認為他們都有功於救正當時的支離之學（參見同上書卷5，《與胡廬山先生論心性書》）。