強調實修之切要而又容忍王學的敬庵，在使工夫複歸本體時，認為本體與工夫的合一是當然的。王學的本體工夫合一論，以工夫為本體之發用，而有強調先本體、後工夫的傾向。敬庵則認為，要說孰先孰後的話，應是先工夫、後本體。
這一傾向，在調停王、湛二家的敬庵的老師唐一庵的“討真心”之論中也能見到（參見《明儒學案》卷40，《甘泉學案四·唐一庵傳》），隻是到了敬庵，這種傾向更加鮮明罷了。
工夫中有本體，由工夫複歸本體，同時又使工夫超越自身的立場，即本體與工夫合一的立場。基於這個立場，如果能在下手處真切地用工夫，那麽本體之力就更能得到充分發揮了。這就是敬庵本體工夫合一論的主旨。(7)因此，他反對周海門以“精誠”為現成的說法，而認為在擴充積累上有工夫本體的合一（參見《敬和堂集》卷5，《答周海門司封來書二條》）。他還批評羅近溪所說的“透性”說是隻任知解而談高玄。他在答近溪的書函中說：“文行忠信，下學上達，而不離日用，此即孔門之透性矣。”（同上書卷5，《答羅近溪先生》）目的就是為了進一步倡導上述主旨。
如前所述，敬庵反對現成派的本體論和頓悟論，卻諒解陽明和白沙所提倡的以本體為宗的“悟”的主旨。他說：
江門（白沙）以靜養為務，姚江（陽明）以致良知為宗。其要使人反求而得諸本心，而後達於人倫事物之際，補偏救弊。其指歸與宋儒未遠也。（同上書卷5，《答周海門司封諦解》）
麵對當時把陽明的“致良知”當作頓悟而加以非難的人，他辯解說：這種專把“致良知”視為頓悟的觀點，乃學者的因襲之見。又說：
良知即是明德，致良知即是明明德；知之體即仁之體，致知之事即求仁之事。立言不同而無頓漸之別耳。（同上書卷5，《答沈實卿》）