少墟與一庵、敬庵一樣，都排除門戶之見。少墟認為，宋儒與陽明之學，或主靜，或主敬，或窮理，或致良知等，都是各立門戶，其實都隻不過說對了一點；如果基於工夫而複歸性體，那就不會以偏概全了（參見《馮恭定全書》卷13，《鄭溪書院誌序》；卷7，《寶慶語錄》）。但在當時，上有黨爭之禍、禁學之事，下有王學亞流的猖狂，所以他認為，“為天地立心，為生民立命，為往世繼絕學，為萬世開太平”，是講吾之心生於天地，因而痛感講學的切要與使命，並與顧涇陽、鄒南皋等一起，遵循以講學為“明道覺心”的宋儒之訓，竭力辯難異端，努力講學，這大概是不得已的吧（參見同上書卷7，《寶慶語錄》；卷2，《疑思錄》）！
在擅長於理論的少墟的異端之辨中，有先儒未及之處，其功績可與顧涇陽並稱。少墟之所以致力於講學辯難，是為了救正現成派亞流的猖狂之弊與俗人的冥行之弊。關於此弊，他曾作過如下論述：
（一）駁佛老之鋒轉而論人事之風興（越俎之學），辟佛老之鋒轉而論宋儒之風興（操戈之學），世俗遂有了非議講學者之口實（參見同上書卷16，《辨學錄跋》）。
（二）不求本源於道德，則重視事功氣節之風流行，故儒者遂逞於意氣而陷於主觀功利（參見同上書卷15，《答強睿庵侍卿》；卷10，《太華書院會語》；卷16，《百二別言》）。(1)
少墟異端之辨的特色，集中表現在辯難本體之源頭這一點上。據他說，這是仿效《中庸》發明孔子的本體源頭而破除異端的方法。(2)所以他認為，如果像以往那樣隻在下學與上達、漸修與頓悟、經世宰物與明心見性、體與用的分別上探求儒佛之辨，那不但不能理解儒的本體源頭，而且還會產生輕儒重佛的弊病。他說：“學者崇儒辟佛，當先辨宗旨。若宗旨不明，而徒曉曉於枝葉之間，吾恐其說愈長而其蔽愈不可解也。”（同上書卷1，《辨學錄》）這一觀點與陳清瀾《學蔀通辨》的異端之辨有相通之處。(3)