清瀾尊奉的是程朱的二元論，並對心性之間的離合異同關係進行了論述。他認為，天地間都是一元之氣，《易》所謂“元、亨、利、貞”也不是氣外之物。天地本無心，所以在天地間，理與氣相即不離為。若就人而言，那麽其精神作用也都是氣，主宰氣而無差錯的則是理。因為人心中有欲，所以理氣不得不分為二。天地之生化，氣是主；但對聖賢之學而言，則理是主，氣聽命於理（參見《學蔀通辨·終編上》）。
人心盡管靈活，但仍不過是氣之妙用；而具有趨利避害的敏銳的知覺，則善於權謀術數、機械變詐。所以說知覺是“無揀擇之心”。正因為如此，如果由於理或者作為理之精微的仁義禮智的德性被心所主宰，那就難以判斷是善還是惡。但因為心與理、心與德性並非截然分離，而是理為心之德，虛靈知覺為心之才，才為德之資，德為才之師，它們之間關係是互相作用的(1)。
根據這一立場，清瀾提出了“心性相隨”論，認為兩者是相即不離的關係。當然，雖說相即不離，那也是主宰之性與運用之心的相即不離，這一觀點對清瀾來說是毋庸置疑的。因此清瀾與朱子一樣，把性與心譬喻為柁與舟、將帥與兵卒的關係（同上）。如果“心性相隨”的話，那麽可以說性就是心。然而，這裏的心不僅僅是虛靈知覺，而是由性（理）主宰的心，即德性之心，即所謂“道心”。而作為虛靈知覺的心，才是所謂的“人心”。而且，在清瀾看來，以道心為人心之主宰，是古聖賢之垂訓。所以，他對於被陽明視為“二心”而加以批判的朱子的“道心為主，而人心每聽命焉”一語，是持肯定態度的（同上）。而且，如果說“心性相隨”，那麽可以說心就是性。但在清瀾看來，這裏所謂的“性”，並非“氣質之性”，而是仁義禮智之性（即“義理之性”）或德性。根據這一立場，他同朱子一樣，明確區分了“義理之性”與“氣質之性”，並把前者作為“本然之性”（同上）。