吳蘇原認為，天地間萬物生成變化的妙用條理，不屬於理而屬於氣，即所謂氣的妙用條理，而理是氣之理，離氣則無理。氣雖有雜糅不齊、紛紜舛錯，但不能說其中沒有理。所以他說：“若謂‘理者氣之不雜者也’，則幾矣。”（《蘇原全集·吉齋漫錄》上）即使對《易》所謂陰陽與道的關係，他也同樣認為陰陽即道，並認為隻有這樣看，道才能成為洋洋乎運行發育不已的本體之存在。而像程子那樣以陰陽為氣、以道為理的理氣分離說，反而使道成為不能運行發育的無用之存在。根據這一立場，他批判了朱子的理氣二元論。(1)
蘇原以朱子對周子《太極圖說》的解釋為例，對朱子的理氣分言論進行了非難，認為周子的《太極圖說》和《通書》所持的是氣一元論立場。周子所說的“太極”是氣之至極，而“無極”乃其尊稱，這實質上是在強調“太極”，也是周子說“太極本無極”的緣由。原來，周子所謂的“無極之真”是氣的無妄，“二五（陰陽五行）之精”就是氣的不雜，都是一物。因此，他認為朱子以周子的太極及無極之真為理、以陰陽及二五之精為氣的理氣分言，是違背周子所提倡的渾一之主旨的。(2)
以周子的無極、太極為渾一的蘇原，在論及周子“主靜”論時，認為其“靜”非指動靜之靜，而是程明道所謂“動亦定，靜亦定”的“定”。為什麽這麽說呢？因為蘇原認為，周子說的“無欲故靜”，就是認為如果無欲，就“靜虛動直”。所以，他認為明道之學出自周子，並認為朱子反對周子的偏靜之論是錯誤的（參見《吉齋漫錄》上）。蘇原反對靜寂之說，其《清心箴》（《蘇原文集》下）認為，若厭惡紛擾而安於幽寂，去煩劇而求簡便，就會流於異端。他不但把朱子的無極太極論，甚至把張橫渠的虛氣論、太虛論、太和論也都斥之為難免理氣分言。他認為，張子的虛氣論雖與諸儒（程朱及其學派）的截然二元論不同，但因為分說虛與氣，所以未免理氣分言之失。太和本來是《易》之絪縕太和，是道的全體。然而，張子把太虛作為未發的靜體，把太和作為已發的動用，而且又分說神與化，此論與太極論比較，就難免落於一邊。為什麽呢？他認為，因為太極不言虛，而虛在其中；太極也不言和，而和在其中（參見《吉齋漫錄》上）。