一言以蔽之，東林學的本旨，可以說體現了宋學之精神。長期以來，討論東林學的學者，忘記了東林本來是書院的名稱，而將它作為黨名，其結果就有了把倡清議、重名節的東林學者比擬為東漢黨錮人物之嫌，所以在學術思想的研究方麵有言不盡意之憾。(1)
東林之所以強調清議、名檢和氣節的重要性，是因為他們雖崇尚“與世為體”的精神，在當時卻不得不使之變為“與世為敵”。重要的是，當時他們把一切動忍即洗心退藏之助作為學之宗旨（參見《高子遺書》卷8上，《與周自淑書》）。所以景逸在會晤馮少墟時，認為他所說的“除去心體鍛煉，更無別事”，是“言簡意盡”之言（參見《高子未刻稿》卷6數部，《與東林會諸友》）。
這種精神，與陽明所提倡的“事上磨煉”精神也有一脈相承之處。不過，在陽明那裏，“與世為體”絕不至於變為“與世為敵”。究其原因，不應僅僅歸於兩者環境的不同，而恐怕在於兩者學術精神之差異。至於東林之所以使“與世為體”變為“與世為敵”，乃是因其內心雖多少有些不同，卻都在心情上信奉從至高至純的高遠理想的立場出發，嚴格規正現實的朱子學。
錢穆認為，東林言是非好惡，其實即陽明良知立誠、知行合一之教耳，唯環境既變，意趣自別（參見《中國近三百年學術史引論》）。這種觀點筆者是難以讚同的。誠然，東林重視從天下各種各樣的人心好惡中流露出來的好惡情感，結果出現了像錢啟新、顧涇凡那樣，退鄉願而進狂狷；像劉靜之、薛元台那樣，激於好惡之情而抗時俗、不避禍（參見《明儒學案》卷59、卷60），但那也是遵從是非好惡的。換言之，論好惡是為了重視格物，因而即使有激於好惡之情的現象，其精神與陽明所說的“隻好惡便盡了是非”，在根本上不是相背離的嗎？