雪堂行和尚提倡禪門之悟境，他曾說過，悟境猶如“水上葫蘆，常****地無拘無束，觸著便動，捺著便轉，真是大自在”（引自《經門寶藏集》）。與此相對，蕺山則提倡儒門之悟境，並將其譬喻為水上行舟，有舵在手，坦****地，無險不破，無岸不登（參見《劉子全書遺編》卷2，《學言》）。這正好說明了蕺山之儒教心學，從一定意義上說亦即蕺山本人之心學的特色。
在蕺山看來，作為儒教之根本的心，以“往還二相”為一，並且可以說是強調“即自性”的，它歸根到底不同於禪心——以確立超越的見地而否定人心的自主性，立足於絕對的無的禪心。因為禪的自主性就是本來位天地、育萬物的宇宙之心，故自然以裁成萬物、經綸人世的有無合一的絕對的無為立腳點。因此，儒之心不僅是隨運而轉的自在之心，而且還是有定向的作為主宰的存在，人心隻有根據此主宰，才能獲得真正的自在，所謂道德性命也才能因此而保住。
據蕺山說，人心乃一氣之流行，故自然與天地之道相通，但其中有至微的主宰充當其樞紐。如果此微體入塵而樞紐散漫的話，那麽氣也就會變得浮薄，進而使質、性、思也變得浮薄。這種浮薄是諸妄之根、萬惡之源。所以，心失主宰，則全體亡矣（參見《劉子全書》卷12，《學言下》）！
蕺山認為，這種主宰對心來說，並不是作為獨立的存在來規定的，也不是存在於心以上或心以外的，更不是存在於心中的一物。否則，就會與程子所說的“體用一源、顯微無間”之旨背道而馳，反而使心陷於支離。所以主宰是心之主宰，而不是主宰心。這樣，才能符合主宰即流行的一源無間之旨。如果根據以主宰為獨立存在的立場，那麽，像“本心湛然，無思無為，為天下主”（同上）那樣的真的主宰，就可以說是無目的的，即無主宰的主宰。《論語》中“絕四”之一的“毋意”，無非就是提倡這樣的真主宰的。