猶如前述，蕺山所說的“意”是作為存發二機的心體。一般認為，“意”自然以工夫為要，並因此而具有達到高層次的力量。但是注重工夫的蕺山則認為，“意”在於“誠”，“誠意”之工夫是必要的，否則，“意”就會產生流失之弊。作為“意”之工夫，他還提倡“敬”。他說：“為學之要盡此一誠，主敬即其工夫。”“敬者誠也，誠者天也”。所以他對“打破敬字”的蘇東坡之語備加責難。後來他又自覺到“敬”乃本體工夫一體之敬，所以又肯定了陽明所謂“能戒慎恐懼者是良知”的本體工夫論（參見《劉子全書遺編》卷11《陽明先生傳信錄》一）。關於朱子之敬，他也認為是慎獨，是本體工夫，甚至說，宋儒一邊做工夫（居敬），一邊又已超越工夫而打破敬字（參見《劉子全書》卷5，《聖學吃緊》《敬肆關》）。
不過，由於肯定“意”是心之體，所以蕺山認為，朱子的“居敬”說亦不是以《大學》的誠意為本，而是以正心為本的，並對此深表不滿（參見《劉子全書》卷12，《學言下》）。據他說，“居敬”是誠意上的工夫，據此才能不僅遵從“敬”，而且“打破敬字”。所以，他對“主一”的解釋也與以往不同，認為“主一”即心之主（意）自然而然地返歸於主的工夫（同上）。這種見解可以說是一針見血的。
蕺山雖以“誠意”為學之頭腦，但他認為，如果沒有格致的下手處而單提誠意之頭腦的話，就難免會產生弊端。不過，如果沒有“誠意”之頭腦，格致亦會產生知而無知之病。所以他說：“格致者誠意之功。工夫結在主意中，方為真工夫。如離卻意根一步，亦更無格致可言。故格致與誠意，二而一、一而二者也。”（同上）“然則致知工夫不是另一項，仍隻就誠意中看出。如離卻意根一步，亦更無致知可言。”（同上）