鑒於當時的王學亞流之弊，蕺山提出了以工夫為主的本體工夫一體論。他說：“大抵學者肯用工夫處即是本體流露處，其善用工夫處即是本體正當處。若工夫之外別有本體，可以兩相湊泊，則亦外物而非道矣。”（《劉子全書》卷19，《答履思》二）
東林學者也具有同樣的立場。隻是在東林學者那裏，有在靜肅之理中求心體的傾向。與此相對，蕺山因為以“意”為心之體，故在其工夫裏亦自然加強了發源於內在之心的力量，隻是在其本體工夫一體處更加充實了生意。在蕺山那裏，一邊做工夫，一邊又超越工夫的立場，似乎是更加鮮明了。
當然，蕺山認為，工夫也識悟本體，倘若工夫不像本體那樣依賴自然之力，就會著相支離，從而陷於孟子所謂的“忘助”之弊。但這不過是對於初學者的一根頂門針，正如他所說的“若識第一義，則遷善改過皆第一義”。蕺山認為，日用常行上的躬行即是本體，並揭示了其實質。所以，他既反對若識悟本體，本體工夫便一齊了徹的王學亞流陶石簣的重悟主張，而主張重修，也反對舉孟子所謂“赤子之心”為當下即是的羅近溪之說，這大概是理所當然的（參見《劉子全書遺編》卷1，《證人社言錄》；《劉子全書》卷19，《論羅近溪先生語錄二則示秦履思》）。
不過，蕺山“重修”說的特色，在於訴諸嚴格的《小學》工夫，使之成為《易》所謂的“精義入神”。從這一立場出發，他與十分重視張橫渠《西銘》中“萬物一體”論的世儒相反，而對“戲言出於思，戲動作於謀”的橫渠《東銘》之說推崇備至（參見《劉子全書》卷13，《會錄》）。他還認識到朱子編纂《小學》的意義，不僅廣泛地加以宣傳，而且在《人譜》中對《小學》之踐履作了詳細的說明。他稱讚朱子說：