蕺山認為，按照以好惡之意為心之體的觀點，宋以來的“慎獨”說便有了歸宿。當然，這是他晚年的看法，而他的“慎獨”說在這期間多少也有所變化。正如前所述，在他壯年師事許敬庵修克己之學時，曾以與孟子的動靜內外說相通的嚴肅居敬為要。但後來，他認為若不直接在心體上做工夫，就難以避免身心的動搖，故最後他以“慎獨”為學之本。據蕺山說，獨處在向前向後、向外向裏的中間，是間不容發的心之湊泊地。因為“獨”是心之主宰處，所以在這裏要多加謹慎，從而使敬成為真切之存在。(8)
“獨”雖是超越動靜的心體，但若舍棄靜深之地，而附屬於思慮紛起之見，那就會犯尋枝摘葉之大過（參見《劉子全書》卷8，《中庸首章說》），所以蕺山主張以主靜涵養為“慎獨”。這與把“慎獨”作為動處工夫的舊說是不同的。但不久，他便知道這也難以避免寂靜而“逐光景”之弊。
蕺山認為，“獨”之所以是超越動靜的存在，是因為它是生機之樞紐，而且獨處在未發之中，故能看到最真切的東西。所以他認為，把“致中”作為“慎獨”，把“慎獨”作為“致和”上的工夫是不正確的（參見同上書卷5，《聖學宗要》）。接著，他又一轉，認為“獨體”即“無朕”，因而不能著於一“知”字，為了把握真正不偏於動靜的活機，“獨”不能由覺知來承當。
根據這一立場，蕺山認為，以“獨”為“獨知”的孟子說，尤其是以“良知”為“獨知”之時的陽明之說是正確的（參見《劉子全書》卷11，《學言中》；卷19，《答葉潤山》四）。但他並不讚同孟子以“慎獨”為動察即動念上的工夫的觀點。而且，他雖十分稱讚陽明所說的“知來本無知，覺來本無覺，然不知則遂淪埋”的觀點，認為“此是獨體正當處，被先生一口打並出”（《劉子全書遺編》卷13，《陽明先生傳信錄》三），但卻並不讚成陽明直接以“知”為“獨”，直接以“致良知”為“慎獨”的看法。