蕺山雖然重視喜怒哀樂之情，但因後來以“誠意”為學之宗旨，故以好惡之意為第一義，以喜怒哀樂之情為第二義，從而將兩者區別了開來。據他說，好惡源於主意，喜怒哀樂流自於氣機，前者揭示了心宗，後者揭示了性宗。歸根結底，有了好惡，才能有喜怒哀樂，兩者之間必有本末之別。因此，喜怒哀樂定有情之形狀，而好惡則是借托本體的最微者（參見同上書卷12，《學言下》）。
這裏所說的好惡，是屬於“意”的好惡，而非屬於“情”和“念”的好惡。蕺山對兩者的差別，作了明確的界定。他認為“情”或者“念”的好惡，由於兩念相對而發動，故與善惡相對立，而“意”之好惡，因“一善而非二惡”，故雖兩用而實一者；因作用相反，故雖兩在而實一機；雖有分用之機，卻與心體為一。這就是他把“意”稱作“兩在而一機”、“有發而一機”的緣由。但若就“一機”這一側麵而言，則可以說“意”既非“兩在”，亦非“存發”。這樣“意”便成了至善而無善惡之對待的存在（參見《劉子全書》卷19，《答史子複》、《答葉潤山》四；卷9，《答董生心意十問》）。蕺山因此說：“好惡二端最微，蓋動而未形有無之間者。動而未形有無之間，為吉之先見，即至善之體呈露處。”（同上書卷38，《大學雜言》）這樣，蕺山把《易》之所謂“幾”當作意之好惡，便成為理所當然的了（參見同上書卷10，《學言上》）。
原來，“幾”隻是與動靜有無並立，而非介於兩者之間的東西，是一個本體的呈露。從一定意義說，就是包括全體又管束全體之體的。不然的話，就會使心三分而絕流斷港，盡成支離，這就是蕺山的主張（參見同上書卷12，《學言下》）。基於這一立場，他以周子所謂的“幾”為善。周子曾認為，幾中有善惡。對此，蕺山則認為，幾本來就是善，隻不過有向於惡的趨勢，那種把幾從善惡平分上加以理解的觀點是錯誤的（同上）。