天台以“初心之生機”，即所謂“不已之心”為學之宗。據他說，“初心”無非是在日常人倫中起作用的生機之心，即與性命道德渾淪一體的心之生機。若能盡渾淪之心，則所謂知天、知性便能一齊了當而不入於虛無，所謂情識也能發揮其真機而不涉於情緣。所以說，“初心”可以說是貫通古今宇宙、天下萬世的，“以實為虛”、“以有為無”的本體之存在。與此相反，佛氏之心則因為是“以虛為虛”、“以無為無”，所以是枯竭生機、斷滅種性的本體之存在。天台認為，佛氏雖言心之虛無，但其實是取決於意見而遠離真心之說的（參見《耿天台全書》卷1，《庸言·五經大旨》《與許生》）。
天台主張以“不已之心”為宗，明顯受到泰州宗風的濃烈影響，而且從主張禪機的其弟楚倥那裏得到了指點（參見同上書卷8，《觀生紀》；卷3，《紀言·漢滸訂宗》）。但我認為，羅近溪和王塘南對他的影響也不可忽略。天台並不認為近溪之學墮於見解，反而稱讚近溪晚年能把得自傳統的《楞嚴經》的“無”放下而提掇生機（參見同上書卷3，《與鄒汝生》）。此外，他對以“敦倫體物”、生生不已的生之理的真機為宗而闡明心體的塘南之學，也是推崇備至的（參見同上書卷16，《讀塘南王先生語錄》）。
天台之所以以渾淪生機的實心為學之要，一方麵是為了救正當時現成派亞流徒任知見浮氣、以心為虛無之體而陷於狂禪的弊病，另一方麵也是為了救正隻知道德至情而不知真正本心，隻任素樸的自我之情而拂經亂道、敗化亂世，終至於陷入邪慝之極的另一種弊病。所以，他在斥責以意見聞見之弊為小，以虛見之弊為大的同時（同上書卷1，《庸言·孟子養氣章》），還以“萬物一體”之心為要。