貴生機的天台，當時也未必不反對甘食暴怒等人類素樸的自然性情的發露。或者說，他雖有生即性、率性無礙等觀點，但那也是為了遵循倫理，把天理和性善的本源歸於天命二字，並由此而辯難異端的。在這個範圍內，他的異端之辨，雖未超出以往諸儒的立場，但其特色卻在於探求異端與聖學之別，並比較兩者在天命內容上的差異，注重兩者在盡性立命上的實地工夫之有無，以及所謂“盡”與“不盡”之別。他認為，如果不做盡性立命的實地工夫，那麽性命就難以充實，從而也就不能不成為異端之沉空。所以他說：
予以為，性命萬派無能異，但盡與不盡，則吾與二氏異耳。吾儒唯盡性，故有禮樂，有刑政，三千三百，精微中庸，人得其理，物得其所，故謂之裁成輔相，謂之範圍曲成。豈若二氏之棄舍倫物，小道淺學之得其一曲已哉！是故以盡性至命為宗旨，吾儒之道而意非泛宗也。（《耿天台全書》卷4，《與同誌》三）
但一般來說，雖說是“盡性”，其發端卻在於心之一念。所以在天台那裏，這一念是否倫理之念，尤其是否萬物一體之念，是相當重要的。因而他又說：“夫佛老謂之異端者，非其本體性命異也，亦非其身體形色異也，隻是發端處有差耳。”（同上書卷2，《與胡廬山》三）隻是在他看來，吾儒與異端之別並不在於本體性命的差異。隻不過，這並不是因為在實際的本體性命中沒有差異，而是為了避免隻講其差異而忽視實地工夫。天台的這種異端之辨，與一定要在性命本體的骨髓中辨析異端的陳清瀾、馮少墟之論是有不同旨趣的。所以，天台的異端之辨，被視為尚欠明晰之論，也就是對異端尚抱有半信半疑的態度。一般地說，他的異端之辨尚欠明晰的另一原因，還在於他對佛經的解釋和汲取方法。