武則天在麵對人生中一次嚴重的軍事危機時，朝廷內部矛盾也越演越烈，睿宗被囚禁起來，武則天臨朝稱製，這兩件事激化了裴炎與武則天的內部矛盾。揚州叛亂，武則天曾問裴炎如何處理叛亂，裴炎說：“如果武太後不臨朝稱製，將權力歸還給睿宗，那麽這場危機就迎刃而解了。”“天子年長矣，不豫政，故豎子有辭。令若複子明辟，賊不討而解。”——《新唐書·裴炎傳》。裴炎以為武則天麵臨這樣的危險處境，一定會亂了手腳，此時逼武則天退位是勝券在握的。裴炎此話一出，朝廷上變得異常安靜，武則天更是大吃一驚。監察禦史崔詧指出裴炎此舉是謀反行為。據《資治通鑒》記載：“炎受顧托，大權在己，若無異圖，何故請太後歸政？”武則天看到有人站出來為自己說話，她便順著崔詧的話，將計就計，把裴炎拿下送進了監獄。武則天下定決心要鏟除裴炎，因為裴炎與她的矛盾已經無法調和。
裴炎是武則天手中的一顆棋子，她利用裴炎的權勢和對自己的支持來與李顯爭權，目的達到之後，武則天對裴炎的態度發生了改變。裴炎一開始以為武則天是他手中的一顆棋子，卻不料自己被玩弄於股掌之上，在憤慨之際，他想利用揚州叛亂來扳回局麵，卻不料因為失言直接公開得罪了武則天。
武則天將裴炎關入大牢之後，朝廷大為震驚。此時，朝廷大臣分為兩派，支持裴炎沒有謀反的人占據大多數。很多大臣為了裴炎而上書武則天。“炎，社稷元臣，有功於國，悉心奉上，天下所知，臣敢明其不反。”——《資治通鑒》。武則天麵對大臣們的上書，她隻回應說：“裴炎謀反，是你們不知道而已。”“炎反有端，顧卿不知耳。”——《資治通鑒》。麵對武則天強硬的回答，大臣們依舊據理力爭，為裴炎說話。“若裴炎反，則臣等亦反也。”——《資治通鑒》。武則天再次強硬地回答說：“我知道裴炎謀反，而你們不會謀反。”“朕知裴炎反，知卿等不反。”——《資治通鑒》。武則天短短幾個字，就將大臣們駁得啞口無言，而武則天想將裴炎置於死地，就必須有他謀反的證據。