古學既繼今學而起，到漢末，又有所謂偽古文一派。據近代所考證：王肅為其中最重要的一個人。肅好與鄭玄立異，而無以相勝。乃偽造《孔子家語》，將己說竄入其中，以折服異己，經學中最大的《偽古文尚書》一案，雖不能斷為即肅之所造，然所謂《偽孔安國傳》者，必係與肅同一學派之人所為，則無可疑（《偽古文尚書》及《偽孔安國傳》之偽，至清閻若璩作《古人尚書疏證》而其論略定。偽之者為那一派人，至清丁晏作《尚書餘論》而其論略定）。此即由當時風氣，專喜廣搜證據，隻要所搜集者博，其不合理，並無人能發覺，所以容得這一班人作偽。儒學至此，再無西漢學者經世致用的氣概。
然以當時學術界的形勢論，儒學業已如日中天。治國安民之責，在政治上，在社會上，都以為惟儒家足以負之。這一班人，如何當得起這個責任？他們所想出來的方案，無非是泥古而不適於時，專事模仿古人的形式。這個如何足以為治？自然要激起有思想的人的反對了。於是魏晉玄學，乘機而起，成為儒佛之間的一個過渡。
魏晉玄學，人多指為道家之學。其實不然。玄學乃儒道兩家的混合。亦可說是儒學中注重原理的一派，與拘泥事跡的一派相對立。先秦諸子的哲學，都出自古代的宗教哲學，大體無甚異同，說已見前。
儒家之書，專談原理的是《易經》。《易》家亦有言理言數兩派。言理的，和先秦諸子的哲學，無甚異同。言數的，則與古代術數之學相出入。《易》之起源，當和術數相近；孔門言易，則當注重於其哲學，這是通觀古代學術的全體，而可信其不誣的。今文《易》說，今已不傳。古文《易》說，則無一非術數之談。《漢書·藝文誌》：易家有《淮南·道訓》兩篇。自注雲：“淮南王安，聘明《易》者九人，號九師說。”此書，當即今《淮南子》中的《原道訓》。今《淮南子》中，引《易》說的還有幾條，都言理而不及數，當係今文《易》說之遺。然則儒家的哲學，原與道家無甚出入。不過因今文《易》說失傳，其殘存的，都被後人誤認為道家之說罷了。