正大元年春闈，元好問第二次進士及第，後中宏詞科。國朝慣例，進士及第常授正九品，中宏詞科者，上等可以遷擢兩官，次等遷擢一官。這次新君求賢若渴，廣招良才，科場氣氛為之新振，故而元好問中舉後再無人攀誣結黨，順利進入國史院任正八品編修一職。
國史院亦稱史館，本是清水衙門，低級的編修官更是俸祿低微。按國朝俸製，正八品朝官正俸錢粟一十五貫石，麥三石，衣絹各八匹，綿四十五兩，然而國家土地日蹙、戰爭頻發，軍費開銷極大、稅源不足，故而財政十分吃緊，“百官俸給減削幾盡”。元好問雖已入仕，卻依舊捉襟見肘、清貧如昨，“一官原不校貧多”。
若能匡扶社稷、濟世安民，清苦寒素些倒也不要緊，可偏偏國史院是既無參政職權、亦無功績出路的冷官衙。他多年寒窗苦讀，隻盼著有朝一日能大展宏才，如今滿腹抱負無從實現，報效國家、功名富貴皆成笑談，日日“蘭台從事更閑冷，文書如山白發生”，還時常要通夜值宿。他苦悶之下填詞自遣：“五車書，都不博，一囊錢。長安自古歧路，難似上青天。雞黍年年鄉社，桃李家家春酒，平地有神仙。歸去不歸去，鼻孔欲誰穿。”詞中頗有歸隱之意，但畢竟身負撰寫宣宗實錄之責，一時倒也躊躇未去。
正大二年春，為了盡可能地真實記載金宣宗由胡沙虎擁立即位的情形以及公正評價衛紹王，元好問受命去鄭州拜訪曾在衛紹王時期擔任參知政事的前輩賈益謙，詢問大安、至寧及貞祐初年的政事。其時，賈益謙已近杖朝之年，得知元好問的來意後，肅然正色道：“我聞海陵王被弑，大定三十年間，百官能暴海陵之惡者可得仕進，史臣因此誣其**毒驁狠，將一部海陵實錄寫成穢史，簡直貽笑無窮。衛紹王為人勤儉，重惜名器，有中上之才。我所知此便是如此，若要我為美飾宣宗而加賴衛紹王之罪，我不敢惜此餘年！”