及明亡而清興，經術遂昌明一時，尤重程、朱之學。是以國初則有奉程、朱之學的顧炎武，祖述陸、王之黃宗羲，折衷朱、王之孫奇峰等，其後占顯要於朝廷之學者如湯文正斌、魏果敏象樞、李文貞光地、熊文端賜履、張清格伯行、朱文端軾、楊文定名時、蔡文勤世遠、雷副憲鉉、陳文恭宏謀等，大抵皆遵奉程、朱之學者，康熙五十二年（公元1713年），敕李光地編纂《周易折衷》，自是以後，雍正中敕纂《詩》《書》《春秋》之《傳說匯纂》，降而至乾隆十三年（公元1748年）作《三禮義疏》，經書注釋，就逐漸完成。大概這些書都本自朱子傳注而又折衷諸家者，是以程、朱之學，當為清朝公許之學。
有明一代王學流行勢壓朱學，然既入清代，風氣一變，而朱子之學乃為當時的指導精神。
然而清朝學術之特色乃不在程、朱學派之活動而在始自明遺臣黃宗羲、顧炎武等的考證學之興隆。
黃宗羲（公元1609—1695年），字太衝，號梨洲，又號南雷，其學乃繼自明末劉宗周（公元1578—1645年，字起東，號念台，又號蕺山），初學程、朱之學，後信王陽明，然惡龍溪末學空論本體而流於禪，是以力言慎獨之功夫，思由是以振興王學。黃宗羲夙受其訓乃以慎獨為旨，重致用抱經世大策，誌圖恢複明朝，然其誌不成，僅在學問上留下不朽的功績。他討厭明人那種嚐語錄之糟粕而為遊說的方法，於是先窮《六經》，次讀曆史，欲得實際上可以活用的學問。本此懷抱他就整理明代學者的著述，撰《明儒學案》六十二卷，指摘龍溪後學之流弊，闡明陽明之精髓，懷著同樣的希望，他又作《宋元學案》，然書未完成，人已死去，其子黃石家乃續成之，更經全謝山之整理，乃成今日所存之《宋元學案》一百卷。《明儒學案》與《宋元學案》，可謂中國之學術史或思想史之第一部著作，其裨益後學，良非淺鮮。萬斯同就是出自他的門下，長於曆史學，獨著《明史稿》五百卷。斯同鄉人全祖望謝山亦私淑黃宗羲，完成《宋元學案》，又著《經史問答》。總之，黃宗羲也是陽明學者，本陽明六經皆史的見地，而一切皆以曆史眼光觀察，由是他可以說是促進清代史學發展的第一人。他又有《易學象數論》之著而批判易圖，其弟之子黃宗炎亦著《圖書辯惑》，此二書可謂為後來胡渭的《易圖明辨》之濫觴。