當下士飽馬騰，正期一鼓殲敵，朝旨又責成琦善，叫他克日破城，殲除務盡，毋使旁突滋擾。會洪秀全遣丞相賴漢英援揚，為副都統薩炳阿等所敗，琦善因勝而驕，自謂無恐，哪知賴漢英竟赴瓜洲，殺退參將馮景尼、師長鑣及鹽大使張翊國。揚州長毛，得知瓜洲道通，遂率全股衝出揚城，會合賴漢英，占據瓜洲，琦善徒得了一個空城，有旨責琦善不力，革職留效，馮景尼正法，師長鑣等遣戍。琦善惶急異常，令總兵瞿騰龍進剿瓜洲，騰龍陣亡。警報傳至揚州，急得琦善成病，不數月而逝。江寧將軍托明阿，奉旨代琦善任。托明阿的才識，與琦善也差不多，隻浦口一戰，稍獲勝仗，然亦虧向榮派員夾攻，方得此勝。嗣後擁兵自固，毫無進取，因此江北大營，遠不及江南大營的威望。但向榮、張國梁，雖是有些智勇，誓複金陵，究竟金陵城大而堅，洪楊又作為根據地，悉銳固守，被圍兩三年，仍舊負嵎抗拒；兼且遣眾四擾，牽動官兵，向榮又不能坐視不救，隻得分兵援應。以故轉戰頻年，迄無成效。褒貶處煞有分寸。
會上海一帶，土匪蜂起，占住縣城，與長毛勾通。江蘇巡撫吉爾杭阿，督總兵虎嵩林、參將富安、守備向奎等，水陸進攻，足足攻了好幾個月，始由江寧府知府劉存厚，挖地成穴，埋入地雷，轟塌城垣二十多丈，方得克複上海縣。上海既複，進攻鎮江，鎮江已由提督餘萬青，奉向大臣檄，率兵萬餘，攻打數月。吉撫領兵八九千人，到鎮江城下，與餘提督分營對立，仍用了老法兒，開隧種火，轟去了一小段城牆角。正擬督兵入城，不料城中長毛，已探悉轟城的計策，遣悍卒潛出，繞至吉營背後，鼓噪而入。幸虧吉營尚有紀律，一時不致潰亂，當下返身拒敵，鏖鬥一場，方將長毛殺退。回望城頭，轟陷的城隙，已由長毛用土塞住。料知進攻無益，隻得退休，白費了掘地埋藥的工夫，蹉跎蹉跎，又是一年。鎮江的長毛，與瓜洲的長毛，不但蟠踞如故，並且雙方聯絡，氣焰越盛。