卻說曾國藩駐節祁門，接到勤王詔命，與胡林翼往複馳書，籌商北援的計策。怎奈安徽軍務，正在吃緊，一時不能脫身。且長毛目的，專注祁門，分三路來攻：一出祁門西邊，陷景德鎮，一出祁門東邊，陷婺源縣，一出祁門北邊，逾羊棧嶺，直趨國藩大營。國藩麾下，隻有鮑超、張運蘭二軍，還是得用，奈已調發出去，弄得孤營獨立，危急萬狀。國藩不得已自去抵敵，行至途次，聞長毛數萬到來，軍心大恐，霎時潰退，隻得回轉祁門。國藩能將將，不能將兵，所以屢出屢敗。虧得左宗棠馳至婺源，六戰六勝，把長毛驅逐出境，東路始通。鮑超、張運蘭，複破長毛於羊棧嶺，長毛亦即遁走，北路方才安靖，國藩心中稍慰。廷寄亦於此時到來，阻住入援。自是國藩益加意防剿。到鹹豐十一年春季，左宗棠與鮑超合軍，克複景德鎮，軍威大振。左宗棠得賞三品京堂，鮑超得賞珍物。已而張運蘭攻克徽州，左宗棠收複建德，祁門解嚴。
國藩移駐東流縣，檄鮑超助攻安慶。安慶為長江重鎮，自曾國荃進攻，長毛遂各處竄擾，冀國荃撤圍自救。偏這國荃不肯撤圍，日夜攻撲，就是當祁門緊急時，國藩受困，他也無心顧及，硬要攻破此城。長毛恨極，遂集眾十萬，由陳玉成統帶，來援安慶。國荃趁他初到，分軍圍城，自己卻督率精銳，出其不意，衝入敵營。長毛自遠道會集，方在勞乏的時候，勉強抵敵，心誌未定，沒有不敗的道理。當被國荃一陣殺退，玉成尚思整隊再戰，忽報胡林翼移營太湖，遣多隆阿、李續宜等前來安慶，玉成料是不佳，改圖上攻，從間道繞出霍山，一鼓攻入，接連破了英山，直趨湖北，拔了黃州，分兵取德安、隨州。四眼狗到底不弱。胡林翼急檄李續宜回援，玉成留黨羽守德安，自率眾三萬複回安慶，撲攻國荃營數日。國荃憑濠堵禦，好似長城一般，玉成不能克。鮑超自南岸進攻，多隆阿自東岸進攻，玉成走踞集賢關，忙調集楊輔清等，再至安慶，築起十九壘，援應城中。留悍酋劉瑲林，屯駐關內，作為後應。國藩檄鮑超攻集賢關；楊載福率炮船水師助國荃，守住營濠；多隆阿移駐桐城，截剿長毛後援。自四月至七月，相持不下。胡林翼複遣成大吉助鮑超，兩軍夾攻，猛撲七晝夜，方得攻入，擒住悍酋劉瑲林，解京正法。集賢關已下，陳、楊兩酋，斷了後應，曾國荃氣焰越張，會合楊載福炮船，水陸攻擊，連毀敵壘十九座，陳玉成、楊輔清等遁去。安慶城內的長毛，至是始孤立無助。到七月下旬，糧又告絕，守城悍酋葉芸來，悉銳突圍，被國荃截住，無路可鑽，隻得退回。國荃逼城築壘，掘隧埋藥，於八月朔日，地雷暴發，轟坍城牆，國荃率軍殺入，城內長毛，沒有一個逃避，大家冒死巷戰。等到筋疲力盡，槍折刀殘，方個個畢命。自葉芸來以下，共死一萬六千人。安慶被長毛占據，已曆九年，國荃得此雄都，戡定東南的基礎，才得立定。