康熙二十年，玄燁從李光地議，遣福建水師提督施琅（本是鄭成功部將，犯罪逃降清）攻台灣，二十二年，鄭成功嗣孫鄭克塽降。清設台灣府，澎湖、淡水、諸羅、台灣、鳳山、彰化等廳縣，屬福建布政使管轄。總兵領水陸兵八千駐台灣，副將領水師二千駐澎湖廳。後增兵額至一萬四千名，儼然成海東重鎮。
漢族反滿最後一塊海外根據地被玄燁擊平了。大陸上早被嚴密的統治著，漢族義民雖然不斷起事（如順治十七年山東於七起義。康熙二年，福建王鐵佛起義。十二年，楊起隆謀襲北京，事敗逃走。十九年，起隆又在陝西起義。二十七年，武昌兵變，推夏逢龍為首領。四十六年，雲南李天樞、朱六非起義攻昆明），無疑是奔向虎口送死。某些義士感到敵我形勢的懸殊，必須轉換新方式，蓄積力量，才能繼續與滿族鬥爭，因此成立了許多秘密的革命團體。
（一）三合會
（二）哥老會
哥老會又稱哥弟會，成立約在乾隆年間。當時滿洲統治中國已久，茫茫神州（中國），何處找一片土地作恢複的根據？某些義士假托大海，虛設一個理想國家，表示不食清朝的米飯，不住清朝的土地（封建社會認土地糧食是皇帝所有，人民生活，稱為“食毛踐土”，算是皇帝的恩典），不當清朝的順民。這個理想國家的組織，會員通稱洪家兄弟，秘密名冊稱海底，機關部稱碼頭，首領稱掌柁或正龍頭，下設副龍頭，次為坐堂、陪堂、刑堂、理堂、執堂稱為五堂，又有盟證及香長，共稱內八堂。排行都算老大。次為心腹及聖賢，行二；次為當家，行三；次為管事，行五；次為福祿，行六；次為巡查，行八；次為大九、小九，行九；次為大麽、小麽（通稱老麽），行十。共稱外八堂。會中不設老四、老七兩位，相傳最先兩位曾叛變，因此廢棄不再設。每一碼頭，照例由老大充當掌柁，總管碼頭事務，每有命令，眾兄弟無不遵辦。老三經理內部事務，老五經理外部事務，老六以下，算是普通會員。會中人員不分身份（階級與階層），凡有誌反滿複明的中國人，不論士、農、工、商、貧、富、文、武各色人等，都得拜師傅充會員。隻有身家不清白（血族不純粹）以及剃頭匠、轎夫、伶人不得入會。全會分仁、義、禮、智、信五級，稱為五門，每門各有傳統的家法，初入門時輩分低微，逐漸升至最高輩（“仁”字輩最高，“信”字輩最低）。當初立會宗旨，在團結中國人民，反滿複明，因此最重“兄弟義氣”，對龍頭嚴格服從命令，對同會盡力互相扶助。在滿清壓迫漢族的時代，這種組織，確有它存在的意義，到清末，也曾有大部會員參加了辛亥革命。