據此可知仲含、霖寰之成事及牧齋之企圖。但鄭氏與二曾真正交誼密切，與牧齋之僅以文字酬應者大有不同。假使牧齋果得任登萊巡撫，恐亦不得如二曾之能指揮鄭氏之水軍也。一為南都與全局之關係。蓋當時長江以北受困於李、張及建州，已成糜爛之勢。江左士大夫頗欲保全南方，以留都南京為中心，聚兵力借圖偏安之局。觀石齋《與鄭將軍書》第二通雲“李大司馬，方今偉人，所號召豪傑立應，擬與南都諸紳擊牛釃酒，以俟麾下”及《與張鯢淵書》雲“南都名賢所聚，熊壇老諸公提挈於內，劉良佐諸將匡襄於外。借漕捐資，尚支歲月”等語，是其明證。熊壇老即熊明遇。《明史·二五七·熊明遇傳》略雲：
熊明遇，字良孺，進賢人。崇禎元年，起兵部右侍郎。明年進左，遷南京刑部尚書。四年，召拜兵部尚書。五年，以故官致仕。久之，用薦起南京兵部尚書。
並參以上論侯方域代其父恂作書致左良玉，阻其擁兵至南京事，所引諸史料，足見崇禎十六年春間至初夏，熊氏亦在南京遙為牧齋共謀王室群公之一人也。一為關於左良玉之為人，石齋《致鄭飛黃書》中所論，與牧齋撰《李邦華神道碑》中所言，頗不相同。蓋石齋深知良玉之為人不可信賴，故欲借鄭氏軍力以防製之也。夫左氏固不可信賴，鄭氏亦略相似。石齋當日或亦有所感覺，但此時所以取鄭而舍左者，其關鍵實在左氏軍糈不能自籌，動以索餉要挾官吏，殘害人民。前述其擁兵東下，欲寄孥南京之事，可為一例，不必多論。至若鄭氏所統之兵，軍餉既能自給，故紀律亦較嚴肅。此點尤為當時所罕見，非他軍所可企及也。
《明季北略·一一》“鄭芝龍擊劉香老”條略雲：
初，芝龍為海盜。崇禎元年五月，招之。九月，芝龍降於巡撫熊文燦，授以遊擊。十三年八月，加芝龍總兵。芝龍既俘劉香，海氛頗息。因以海利交通朝貴，浸以大顯。