康熙二十八年（1689）十二月，索額圖等關於尼布楚立約的奏報到了北京以後，康熙帝遂命議政王、貝勒、大臣集議東北邊疆善後的辦法。他們提議應於格爾必齊河諸地立碑以垂永久，“勒滿、漢字及俄羅斯、拉丁、蒙古字於上”，並於墨爾根及璦琿設官兵駐防。這兩件事都實行了。可惜界碑是由中國單獨立的，不是會同俄國立的。碑文不是條約全文，是條約撮要。據俄國傳教士Hyacinth的實地調查，在格爾必齊河畔的碑上，匠人竟把“興安嶺以北屬俄國”誤刊為“以南屬俄國”，俄人以為是個好預兆。並且有幾個界碑實非立在邊界上。一八四四年，俄國國家科學會（Academy of Sciences）派了一位科學家米登多夫（A. Th. von Middendorf）到遠東來調查。他發現中國所立的界碑，最北的不是在外興安的山峰，是在激流河（Gilu）與精奇裏河合流之處；最東北的不是在外興安與烏第河之間，是在烏第河及土格爾（Tugur）之間，中國自動地放棄了二萬三千平方英裏的土地！
至於駐防的軍隊，中俄戰爭的時候，中國以璦琿為大本營，設將軍鎮守；康熙二十九年（1690）將軍移駐墨爾根；康熙三十八年（1699），複移駐齊齊哈爾，步步地離黑龍江遠了。吉林省亦複如是：原來中心在寧古塔，已離邊境甚遠，後來中心複向內移至吉林省城。雖然，以兵數而論，我們不能說清廷疏於防備。曆十八世紀，前後兵數雖略有增減，東三省駐防軍隊在四萬人左右，內奉天將軍所轄者一萬九千餘人，吉林將軍所轄者九千六百餘人，黑龍江將軍所轄者一萬一千四百人。黑龍江西境設有十二卡倫，每卡倫駐兵三十名，三月一更；北境設有十五卡倫，每卡倫駐兵二十名，一月一更。這些卡倫的目的在防止俄人越界，可惜大半離邊境甚遠，且恐是有名無實的。此外黑龍江將軍每年四五月間派委官佐，率兵二百四十名，分三路巡邊，“遇有越境之俄羅斯，即行捕送將軍，請旨辦理”，唯巡邊實亦不到極邊。