馮桂芬走後，李鴻章辦幾個急件，開始審閱三郡糧賦浮額裁減奏稿和實施辦法。辦法已很詳盡，當即派發朝廷。朝廷批複非一天兩天能下來，不能坐在衙門裏傻等，李鴻章帶領老六昭慶趕往青浦，召集諸將，部署進剿蘇州戰略。
經認真討論，綜合各位建議，李鴻章深思熟慮，準備三管齊下：一由程學啟率開字諸營主力隊伍，自昆山往西，主攻蘇州南部；二由劉銘傳、李鶴章、李昭慶率銘字、鶴字及新募肥勇，由常熟出擊江陰和無錫，再輔以黃翼升淮揚水師並進，控製蘇州北麵；三由李朝斌率揚州水師，由泖澱湖挺進平望、吳江、太湖，掌握蘇州西麵。戈登也不能閑著，由鬆江移駐昆山，隨時為各路提供支援。為防浙江嘉興、湖州、杭州太平軍繞擊上海後方，另派楊鼎勳和張遇春部守張堰，潘鼎新和劉秉璋部守洙涇，截擊楓涇太平軍，策應蘇州戰場。
各將領領命出城，李鴻章留下程學啟，說：“方忠啊，蘇州是長毛第二大本營，地位僅次於金陵，而在李秀成心裏，比金陵更重要。李秀成精銳盡在蘇州，近二十萬人馬，兵精糧足，武器優良，加之城牆堅固，城門層疊，隻怕不是想攻就攻得下的。”
程學啟微微而笑，說：“從翰林哥哥剛才的戰略部署，程學啟看得出來，您意在規取遠勢，剪除蘇州枝葉，而後圖其根本。”李鴻章點頭道：“淮軍將領裏，就方忠最懂我。我問你，開字諸營到得蘇州城南後，該采取什麽行動？”程學啟說：“進而不攻，要攻也是小攻，不能大攻，先給城裏長毛造成壓力，待各水陸大軍掃清外部，形成合圍之勢，再發起總攻，以最快速度和最小代價，一舉拿下蘇州全城。”
李鴻章沉吟良久，才緩緩道：“上月我帶人至昆山犒軍完畢，出城與你告別後，路上碰到掘草根充饑的丁姓老翁，乃蘇州閶門人，原靠打漁為生，攢足銀兩後，在城裏買了鋪麵，做些小本生意，及長毛入侵蘇州，父女出逃走散，至今無家可歸。我當麵答應過他，蘇州即將光複，到時他就可回歸家園，重操舊業。”