袁政府派兵南下，首先注意南京、江西兩路兵馬。李烈鈞已被團團圍住，援軍也被北軍截斷。第一軍軍長段芝貴和總司令李純步步緊逼，水陸各軍同時進攻，旅長馬繼增、鮑貴卿等奉段芝貴的派遣，分道攻擊。馬軍從新港一帶率兵猛進，連奪要隘，占領灰山。湖口西炮台忙開炮轟擊馬軍，馬軍仗著銳氣直撲炮台，前仆後繼。外麵，又有軍艦連放巨炮，終將炮台轟破。守台的李軍死的死，逃的逃。西炮台隨即被馬軍占領。鮑軍由海軍掩護，至湖口東岸與李烈鈞部眾激戰，大獲全勝，又乘勢占領了東炮台。李烈鈞勢單力薄，隻好放棄湖口，乘舟逃走。湖口一帶，完全歸入北軍。袁總統立即發犒賞銀十萬元，交段芝貴論功行賞。
陳其美在上海宣布獨立後，便在上海南市設一總司令部辦事機關，所有舊部人員陸續到來，分任職務。同時，總司令部四處發出通告，大意是“起兵討袁，義不容辭。各營應約束軍隊，嚴查匪類，保護在滬商民”。另頒六言告誡，申定斬首等法律。大多數市民為了逃避戰火，紛紛搬入外國租界。吳淞炮台官薑文舟受陳慫恿，宣布獨立。並且劃定戰線，照會外國領事，一切軍艦、商舶不得在戰線內停泊，任何人不得入戰線以內。上海城內各公署無兵無餉，沒人敢反抗陳其美，隻好隨聲附和。
唯獨駐守製造局的鄭汝成和海軍各艦，不受陳其美慫恿。鄭汝成恐生變數，將局中原有的巡警衛隊都派遣出去，隻管製南來的北軍。陳其美聽到這個消息，料他是個好手，不便輕敵，於是決定出三萬金給北軍，隻希望他出讓製造局。陳其美的手下李平書與鄭汝成相識，便勇擔說客的重任，並邀王一亭同去製造局見鄭汝成，勸他說：“北軍兵單孤立，南軍四路合圍，眼見這製造局要被南軍奪去。平書為息戰安民起見，已與陳其美商洽，願饋贈北軍三萬金為酬金，隻勸北軍北返。”說至這裏，猛聽得一聲嗬斥：“我鄭汝成奉大總統命令來守此局，你奉何人命令敢來逐我出境？我若不念舊交，早就將你的頭顱梟示局門為叛黨鑒。混賬東西，快給我滾出去！”李、王兩人碰了這個大釘子，不禁麵紅耳赤，倉皇退出，返報陳其美。於是，陳決意開戰，調集南軍，專攻製造局。碰巧，駐南京福字營司令劉福彪，帶領自己的敢死隊到上海，要求擔任攻打製造局的先鋒。陳其美立即將其編製為衝鋒隊。鎮江軍、上海軍和駐防楓涇的浙江軍也一股腦兒湊攏來，約有三四千人。鎮、滬兩軍本無叛誌，因黃興借著程都督名義調撥該軍，他們不得不奉命前來。浙江本未獨立，所派楓涇防兵，原本是為了防禦上海的革命黨，不料被陳其美買通，也撥遣一隊助攻製造局。再加上鬆江鈕永建軍、福字營的敢死隊，共計七千五百人。七月二十二日夜間，由總司令陳其美發令，三路同時發起進攻，一攻東局門，一攻後局門，一攻西柵門。