黃興在南京聽說江西、徐州、上海三路人馬屢戰屢敗，北軍四路雲集，料知大勢已去，暗想此時不走，更待何時，當即傳令下去，說要親自前往戰地督戰，卻沒有說明要去何處。
七月二十八日半夜，黃興與代理都督事章梓改穿洋裝，邀日本人做伴，乘輪船抵達上海。誰知上海領事團已轉命總巡捕房緝拿亂黨，第一個要抓的就是黃興。工部局決定驅逐孫中山、岑春煊、李平書、王一亭等人，不準他們逗留在租界。害得黃興無處棲身，隻好轉去吳淞口。
鬆軍司令鈕永建、福字營司令劉福彪帶領敗軍，先後逃至吳淞口。他們一來，嚇得炮台官薑文舟連夜逃跑，炮台由要塞總司令居正接管。居正與陳其美等都是一路人，自然收集敗軍，守住炮台。黃興到了吳淞口，與鈕永建、居正會晤，彼此無限感慨。鈕永建說道：“孫中山、岑春煊都已去了香港，陳其美也不會留在上海，即日就要遷避至此。”黃興道：“全局失敗，單靠這個吳淞炮台，能站得住腳嗎？”鈕永建道：“在一天盡一天的心，到了危急時刻，再作計較。”黃興連連歎息。在鈕營暫住的這一晚，黃興輾轉反側不能入睡，暗想這孤立的炮台肯定立不穩腳，不如亡命海外，更何況隨身還帶有外國鈔票，也價值數萬元。於是，天剛蒙蒙亮，黃興便起身出營，沒有與鈕永建告辭，就帶著皮包，登上東洋商船，逃命去了。
黃興走後，第一師長洪承點也走了。南京無主，眾官員集議取消獨立，並選派代表去上海迎回程德全都督。誰知程都督不肯回南京，隻是派杜淮川繼任第一師師長的職位。但當時南京人已公舉旅長周應時接管第一師，當即電告程都督。程不但沒答應，還將周應時的旅長之職一並撤銷。於是軍民不服，都懷疑程變誌了。