段芝貴、李純等人奪回湖口後，乘勝直搗南昌。李烈鈞剛好收集敗軍，退守吳城。吳城距南昌省城隻有一百八十裏，李烈鈞到此地後，便派黨人赴省城勒逼民財，輸作軍餉。省中商民怨聲載道，都罵歐陽武勾結亂黨，擾亂南昌。此時，北京已傳達命令，撤銷歐陽武護軍使的職務，並令段芝貴、李純嚴行拿辦。歐陽武正準備出走，又接到李烈鈞的敗信，便立即收拾細軟，一溜煙地逃了。李烈鈞一直敗退至南昌，令城內居民立即遷移，打算堅壁清野，進行扼守。南昌商民驚慌失措，都說李軍入城抗拒官軍，全城勢必糜爛、玉石俱焚，因而召集商會頭目，決定出三十萬大洋給李軍，請他不要進城。李烈鈞同意，收了銀圓便移師萬家浦，駐紮候戰。李純率同水陸各軍踴躍前來，李烈鈞下令迎擊。無奈李列鈞全軍屢戰屢敗，士氣低迷，一經戰鬥，就像秋風隕籜、旭日淩霜。李烈鈞支持不住，索性向南竄逃，其部眾有的逃走，有的投降。李純收軍進城，揭榜安民，當下將肅清江西的捷報傳達北京和各省。
柏文蔚率同胡萬泰入據安慶，在城外遍布兵隊，嚴防倪軍。得知倪嗣衝已攻克壽州，直逼省城，胡萬泰忽起變心，竟脫離柏文蔚自張一幟。並揭示柏文蔚的罪行，函致議會、商會，想逐柏出城。於是，議會、商會公舉代表數人，勸柏退讓，柏已形神俱喪，隻好答應出城，前往蕪湖。胡萬泰立即取消獨立，並親赴九江拜訪段芝貴。段委托他收複大通、蕪湖等處。另派旅長鮑貴卿駐守安慶，隨後又電告倪嗣衝。當時政府已下令，特任倪嗣衝為安徽都督兼民政長，催他盡快上任。倪嗣衝電致胡萬泰，說馬上就到，已先派統領馬聯甲率部前往，一切軍事計劃可與馬商酌辦理。胡立即回省等馬，並派旅長顧琢塘帶三個營的兵力去圍剿大通、蕪湖等處。而後胡又命鮑貴卿率三營前去接應。顧先到大通擊逐亂兵，再轉攻蕪湖。此時，柏文蔚又從蕪湖轉赴南京，隻留龔振鵬一軍奮力抗敵。顧琢塘、鮑貴卿、馬聯甲先後帶兵趕到蕪湖，圍攻龔軍。龔振鵬自知不敵，率眾逃走。蕪湖取消獨立，安徽恢複平靜。福建都督孫道仁聽說江西、安徽相繼失敗，馬上轉風，立即取消獨立。並將所有罪名都歸到師長許崇智的頭上，將他驅逐，並解散了討袁同盟會。