元順帝聽說通州失陷，心急火燎，趕忙在清寧殿召集三宮後妃，以及太子愛猷識理達臘準備北行。宦官伯顏不花進諫道：“陛下留在京都，臣等願募集百姓出城迎戰。”順帝說：“孛羅鐵木兒、擴廓鐵木兒屢次騷擾，京中守備早已空虛。還怎麽守？”伯顏不花痛哭流涕：“祖宗的天下，陛下應當死守，怎麽能輕易放棄呢？”順帝怒道：“難道要我像宋徽宗、宋欽宗那樣？朕意已決，不要再說了！”說完，拂袖回宮。到了黃昏，順帝召淮王鐵木兒不花和丞相慶童入內，命淮王監國，慶童為輔佐。自己則在半夜的時候，打開建德門，帶著後妃、太子往北逃去。徐達率領明軍，從齊化門攻入，擒獲淮王鐵木兒不花、左丞相慶童、平章迭兒必失樸賽不花等人。明軍勸他們歸降，全都不從，於是一律被處斬。徐達隨即查封府庫、書籍、寶物，又派兵守住故宮的殿門。所有的宮女、妃嬪還讓原來的太監照顧著，並號令士兵，秋毫無犯。讓百姓安居樂業，集市照常開張，然後又派人到應天報捷。徐達一麵命薛顯、傅友德等人分兵把守關卡；一麵命華雲龍修繕城池，專等太祖巡幸。
太祖得到捷報，下詔褒獎北征軍，定應天為南京，開封為北京，並製定了官製。起先，明朝的官製模仿元代，設中書省總管天下吏治；置大都督府統領天下兵政；設禦史台整肅朝廷綱紀，接著改立六部，定下吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部等名目。後來胡惟庸伏法，朝廷就罷去了中書省，廢掉了丞相等官，用尚書管理天下大事，侍郎為副手。將大都督府分為五軍都督府，由兵部管轄，權力遠不如從前，並增設都察院管轄台官。
太祖命徐達、常遇春出師攻取山西，副將軍馮勝、偏將軍湯和、平章楊璟隨軍調遣。徐達受命西征，分道並進。常遇春攻下保定、中山、真定；馮勝、湯和、楊璟等人攻下懷慶，進逼太原。元將擴廓鐵木兒的部下韓劄兒來攻打澤州，與楊璟、張彬等人在韓家店相遇。楊璟、張彬等人藐視元軍，以為韓劄兒沒什麽能力，一鼓便可以擊退。哪知韓劄兒驍悍得很，手下又都身經百戰。雙方拚殺了很久，楊璟、張彬非但沒有擊退元軍，反倒被他們衝散了陣勢，敗下陣來。大將軍徐達得知消息後，立即調都督副使孫興祖、僉事華雲龍去防守北平，自己則帶著大軍直逼太原。途中聽說元順帝赦免了擴廓的罪狀，讓他官複原職，帶兵攻打北平。徐達當即召集諸將前來商議。諸將都說應該回去支援，徐達卻說：“北平重地有孫都督等人把守，一定能抵抗得住。此次擴廓傾巢出動，太原必定空虛。我軍不如乘他不備，直逼太原，一舉搗毀他的巢穴。到了那個時候，擴廓進退失利，定被我們擒住。”商議好之後，明軍繼續前進。擴廓果然派兵來救太原，在城西紮營，大有排山倒海的架勢。郭英登高遠望，回去和常遇春說：“敵兵雖多，卻很不整齊；軍營雖大，卻很不謹慎。我軍隻要趁夜偷襲，一定可以取勝。”常遇春去和徐達說，徐達也點頭同意。正在籌劃的時候，忽然從擴廓的軍營裏送來一封信。徐達看完之後，寫好回信，派人送去。