太祖將胡惟庸淩遲之後，又將陳寧等人一律正法。塗節雖然自首，但終究收了賄賂，參與了謀劃，也被處以死刑，其餘的黨羽均遭到連坐。這次獄案中，有一萬多人被屠殺。隻有李善長、陸仲亨、費聚三個人因為和太祖是患難之交，太祖不忍心加罪。後來，太祖聽說雲奇重傷身亡，非常惋惜，就追封他為右少監，賜葬鍾山。翰林學士承旨宋濂那個時候已經罷官，他的侄子宋璲和長孫宋慎都被判為胡惟庸的黨人，而遭連坐。隨後，宋濂也被押送到京城，準備投入大獄，處以死刑。馬皇後進諫說：“百姓家裏給兒子請個老師都非常敬重，何況宋濂曾經親自教過皇子，難道就不能保全他嗎？”太祖說：“既然是逆黨，還談什麽保全？”馬皇後又說：“宋濂早就告老還鄉了，一定不知道這件事情。”太祖生氣地說：“你一個婦道人家，知道什麽？”馬皇後低頭不語。後來，馬皇後侍奉太祖進餐，沒有準備一點酒肉。太祖問她什麽原因，馬皇後痛哭流涕：“臣妾聽說宋先生馬上要被斬首，心裏麵痛惜得很，願意替皇子們服喪。”太祖扔下筷子，當即赦免了宋濂，將他安置在茂州。宋濂走到夔州的時候，因病逝世。宋濂教導太子十一年，兢兢業業。當時，海外各國的使節前來拜訪，必問宋濂是否健康。宋濂去世時七十二歲，朝中上下，無不痛惜。
洪武十四年秋，太祖命傅友德為征南將軍，藍玉為左副將軍，沐英為右副將軍，率步騎三十萬，征討雲南。雲南在元順帝時，被明玉珍攻破，後來大理援軍趕到，擊退了明玉珍。元主北逃之後，雲南沒什麽變化。太祖認為那裏過於偏僻，不想用兵，特意命翰林院待製王禕前去詔諭。哪知元主派人去征糧，脅迫王禕投降，王禕因不肯屈服而慘遭殺害。後來，太祖再派湖廣行省參政吳雲前去，又被殺害。